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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问聚合物coarse grained model中所需的angle potential表格如何得到？
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fanofpal

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问聚合物coarse grained model中所需的angle potential表格如何得到？ 已有2人参与

如题，小弟刚开始学习高分子聚合物的粗粒化建模，看文献中提到利用全原子模型的键角分布，通过Boltzmann inversion得到angle potential，下面是CG-PE系统的angle distribution和angle potential
请问聚合物coarse grained model中所需的angle potential表格如何得到？
一直百思不得其解，不知道是怎么个计算法？（参考文献是Coarse Graining of Short Polythylene Chains for Studying Polymer Crystallization）文献中提到的公式如下：
请问聚合物coarse grained model中所需的angle potential表格如何得到？-1
k是Boltzmann  Constant，P(θ)是全原子模型的键角分布，U0是一个参数用来使得trans-trans构象的势能为0。另一篇硕士论文给出了部分angle potential的表格
请问聚合物coarse grained model中所需的angle potential表格如何得到？-2
但我尝试直接带入全原子模型键角分布的某些值，并不能得到对应的势能。
第一次发帖求助，期望各位大佬来帮帮忙！可能我的理解有误，还请不吝赐教。
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1楼 2016-11-22 01:39:01
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有个叫votca的软件应该可以，具体怎么用不太清楚，你可以看看里面的粒子
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2楼2016-11-22 16:52:54
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青丘白浅

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好楼主，请问这个问题解决了吗，目前我也面临着这个问题，另外想请教一下您知道CG-PE模型怎么构建吗，文献里一直说用蒙特卡洛方法随机生成自避行走链，但是具体构建思路我还是不大清楚，想请教一下，谢谢。
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3楼2017-10-08 22:04:10
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灯火阑珊wzm

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青丘白浅 at 2017-10-08 22:04:10
你好楼主，请问这个问题解决了吗，目前我也面临着这个问题，另外想请教一下您知道CG-PE模型怎么构建吗，文献里一直说用蒙特卡洛方法随机生成自避行走链，但是具体构建思路我还是不大清楚，想请教一下，谢谢。

您好，请问您那找到CG-PE模型的建模方法了吗？有的话能不能分享一下，谢谢！
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4楼2019-03-04 09:36:10
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灯火阑珊wzm

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青丘白浅 at 2017-10-08 22:04:10
你好楼主，请问这个问题解决了吗，目前我也面临着这个问题，另外想请教一下您知道CG-PE模型怎么构建吗，文献里一直说用蒙特卡洛方法随机生成自避行走链，但是具体构建思路我还是不大清楚，想请教一下，谢谢。

您好，请问您那找到CG-PE模型的建模方法了吗？有的话能不能分享一下，谢谢！
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5楼2019-03-04 09:36:05
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