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zhaozhibozhi金虫 (正式写手)
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[求助]
使用Hmmer软件包预测细菌基因组内的转录因子结合序列
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文献中发现，有人使用Hmmer包对细菌基因组内的某个转录因子的结合序列进行预测。 大概方法是：根据一批已知的转录因子结合序列，使用hmmbuild建立一个hidden Markov model，然后根据这个模型对基因组内内的匹配序列进行扫描，找到所有可能的转录因子结合序列。 我在电脑上安装了Hmmer2，根据已知的71个hrp_box序列（转录因子hrpL的结合序列）、使用hmmbuild建立了模型，然后就不知道如何开展下一步了。手头有基因组数据。恳请大神指点，不胜感激！！！ |
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