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yakun123

铁虫 (小有名气)

[求助] CRISPR/CAS9 sgRNA的设计已有1人参与

我用网站设计的sgRNA,输入要敲除大肠基因,选择大肠杆菌,最后得到的sgRNA在大肠基因组上是不是只有一段,如果有多段那不就意味着不是特异性切割了吗。  如果我输入的是拟南芥的基因,选择大肠杆菌,为什么还是能设计出来sgRNA? 这个sgRNA的表示什么,是指这个基因的某个23bp在大肠基因组上只有一个吗?  希望大侠赐教!

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MIDNA

铁虫 (小有名气)


kuaile5420: 金币+1, 欢迎交流 2016-11-21 23:07:52
首先这个不能叫做特异性切割,当你得到一系列sgRNA时,有些是不能用的,你应该先将其在大肠杆菌基因组数据库中比对一下才能确定!
默默搜寻
2楼2016-11-15 21:38:31
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yakun123

铁虫 (小有名气)

网站设计的时候没有与基因组做序列对比嘛

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3楼2016-11-15 22:48:52
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yakun123

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by MIDNA at 2016-11-15 21:38:31
首先这个不能叫做特异性切割,当你得到一系列sgRNA时,有些是不能用的,你应该先将其在大肠杆菌基因组数据库中比对一下才能确定!

用网站设计时,sgRNA没有与基因组进行序列对出吗?一般我们都没做blast,切割都没问题

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4楼2016-11-15 22:50:02
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biology-girl

新虫 (正式写手)

可否问一下,您是用什么网站设计的sgRNA(大肠)?
5楼2016-12-28 09:50:37
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catalya

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你是用哪个网站?张峰lab的还是ZIFIT?sgRNA的设计是根据你输入要敲除的序列进行设计的,它只认序列,不认序列属于哪个物种,后期你要根据网站给出的sgRNA在NCBI上对应的物种中进行blast,选取特异性好的进行构建vector,敲除。
6楼2016-12-30 17:13:43
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量中华之物力

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by catalya at 2016-12-30 17:13:43
你是用哪个网站?张峰lab的还是ZIFIT?sgRNA的设计是根据你输入要敲除的序列进行设计的,它只认序列,不认序列属于哪个物种,后期你要根据网站给出的sgRNA在NCBI上对应的物种中进行blast,选取特异性好的进行构建ve ...

请问一下,特异性好是有什么指标吗?

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7楼2017-11-07 10:25:31
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