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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » CRISPR/CAS9 sgRNA的设计
汕头大学海洋科学接受调剂
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yakun123

铁虫 (小有名气)

[求助] CRISPR/CAS9 sgRNA的设计 已有1人参与

我用网站设计的sgRNA,输入要敲除大肠基因，选择大肠杆菌，最后得到的sgRNA在大肠基因组上是不是只有一段，如果有多段那不就意味着不是特异性切割了吗。  如果我输入的是拟南芥的基因，选择大肠杆菌，为什么还是能设计出来sgRNA? 这个sgRNA的表示什么，是指这个基因的某个23bp在大肠基因组上只有一个吗？  希望大侠赐教！

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1楼 2016-11-15 20:02:16
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MIDNA

铁虫 (小有名气)
★
kuaile5420: 金币+1, 欢迎交流 2016-11-21 23:07:52
首先这个不能叫做特异性切割，当你得到一系列sgRNA时，有些是不能用的，你应该先将其在大肠杆菌基因组数据库中比对一下才能确定！
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默默搜寻
2楼2016-11-15 21:38:31
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yakun123

铁虫 (小有名气)
网站设计的时候没有与基因组做序列对比嘛

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3楼2016-11-15 22:48:52
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yakun123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by MIDNA at 2016-11-15 21:38:31
首先这个不能叫做特异性切割，当你得到一系列sgRNA时，有些是不能用的，你应该先将其在大肠杆菌基因组数据库中比对一下才能确定！

用网站设计时，sgRNA没有与基因组进行序列对出吗？一般我们都没做blast，切割都没问题

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4楼2016-11-15 22:50:02
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biology-girl

新虫 (正式写手)
可否问一下，您是用什么网站设计的sgRNA（大肠）？
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5楼2016-12-28 09:50:37
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catalya

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你是用哪个网站？张峰lab的还是ZIFIT？sgRNA的设计是根据你输入要敲除的序列进行设计的，它只认序列，不认序列属于哪个物种，后期你要根据网站给出的sgRNA在NCBI上对应的物种中进行blast，选取特异性好的进行构建vector，敲除。
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6楼2016-12-30 17:13:43
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量中华之物力

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by catalya at 2016-12-30 17:13:43
你是用哪个网站？张峰lab的还是ZIFIT？sgRNA的设计是根据你输入要敲除的序列进行设计的，它只认序列，不认序列属于哪个物种，后期你要根据网站给出的sgRNA在NCBI上对应的物种中进行blast，选取特异性好的进行构建ve ...

请问一下，特异性好是有什么指标吗？

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7楼2017-11-07 10:25:31
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