应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » CRISPR/CAS9 sgRNA的设计
71/1返回列表
查看: 5836  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yakun123

铁虫 (小有名气)

[求助] CRISPR/CAS9 sgRNA的设计 已有1人参与

我用网站设计的sgRNA,输入要敲除大肠基因，选择大肠杆菌，最后得到的sgRNA在大肠基因组上是不是只有一段，如果有多段那不就意味着不是特异性切割了吗。  如果我输入的是拟南芥的基因，选择大肠杆菌，为什么还是能设计出来sgRNA? 这个sgRNA的表示什么，是指这个基因的某个23bp在大肠基因组上只有一个吗？  希望大侠赐教！

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-11-15 20:02:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MIDNA

铁虫 (小有名气)
★
kuaile5420: 金币+1, 欢迎交流 2016-11-21 23:07:52
首先这个不能叫做特异性切割，当你得到一系列sgRNA时，有些是不能用的，你应该先将其在大肠杆菌基因组数据库中比对一下才能确定！
赞一下(1人) 回复此楼
默默搜寻
2楼2016-11-15 21:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yakun123

铁虫 (小有名气)
网站设计的时候没有与基因组做序列对比嘛

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-11-15 22:48:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yakun123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by MIDNA at 2016-11-15 21:38:31
首先这个不能叫做特异性切割，当你得到一系列sgRNA时，有些是不能用的，你应该先将其在大肠杆菌基因组数据库中比对一下才能确定！

用网站设计时，sgRNA没有与基因组进行序列对出吗？一般我们都没做blast，切割都没问题

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2016-11-15 22:50:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biology-girl

新虫 (正式写手)
可否问一下，您是用什么网站设计的sgRNA（大肠）？
赞一下 回复此楼
5楼2016-12-28 09:50:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

catalya

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你是用哪个网站？张峰lab的还是ZIFIT？sgRNA的设计是根据你输入要敲除的序列进行设计的，它只认序列，不认序列属于哪个物种，后期你要根据网站给出的sgRNA在NCBI上对应的物种中进行blast，选取特异性好的进行构建vector，敲除。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2016-12-30 17:13:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

量中华之物力

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by catalya at 2016-12-30 17:13:43
你是用哪个网站？张峰lab的还是ZIFIT？sgRNA的设计是根据你输入要敲除的序列进行设计的，它只认序列，不认序列属于哪个物种，后期你要根据网站给出的sgRNA在NCBI上对应的物种中进行blast，选取特异性好的进行构建ve ...

请问一下，特异性好是有什么指标吗？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
7楼2017-11-07 10:25:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yakun123 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭