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zzhwise

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】在intel q6600 fedroa10 下安装并行gromacs的安装步骤

急求在intel q6600 fedroa10 下安装并行gromacs的安装步骤!
mpich或lammpi均可以!
目前在网上搜集的安装方法行不通!
请高手帮忙!

[ Last edited by mingdong on 2008-12-6 at 20:07 ]
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gredream

禁虫 (正式写手)


灯塔守望者(金币+1,VIP+0):如果方便,直接解答更好。
本帖内容被屏蔽

2楼2008-12-02 16:46:56
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zzhwise

金虫 (小有名气)

谢谢你啊!
3楼2008-12-03 12:54:23
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫


mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢!
这个只要吧intel fc装了
然后记住 库函数装全就可以了
万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓?
4楼2008-12-04 17:18:14
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xuefei06

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zzhwise at 2008-12-2 01:16:
急求在intel q6600 fedroa10 下安装并行gromacs的安装步骤!
mpich或lammpi均可以!
目前在网上搜集的安装方法行不通!
请高手帮忙!

安装GROMACS好像跟你用的系统关系不大吧,不知你遇到的问题是什么?
5楼2008-12-04 22:46:37
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zzhwise

金虫 (小有名气)

我遇到的是安装lammpi时再安装gromacs说c++编译器不支持
安装mpich时gromacs安装说找不到哦fftw3f!
现在问题是,用mpich装好了groamcs,可是mdun_mpi是在 --enbale-mpi文件夹中的bin而不是在groamcs安装文件夹中的 bin文件夹里!
而且自带的测试程序无法运行,老出现mdrun。out错误!
6楼2008-12-05 11:10:37
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州


mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢你的帮助!
安装mpich 前需要安装charm++,安装charm++前需要安装fftw。
fftw 是快速傅里叶变换库,charm++是并行库,mpich 是并行软件。

到mdbbs 问问吧。
7楼2008-12-05 16:19:02
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢您!
引用回帖:
Originally posted by zzhwise at 2008-12-5 11:10:
我遇到的是安装lammpi时再安装gromacs说c++编译器不支持
安装mpich时gromacs安装说找不到哦fftw3f!
现在问题是,用mpich装好了groamcs,可是mdun_mpi是在 --enbale-mpi文件夹中的bin而不是在groamcs安装文件夹 ...

你是没有装FFTW,你可以下个FFTW-3的版本,安装如下:
#cd fftw-3.1.2

#./configure CC=gcc CXX=g++ FC=f77 --prefix=path(你的安装路径)/fftw3  --enable-mpi --enable-float

#make
#make install

然后安装gromacs
#cd gromacs-3.3.3
#export CPPFLAGS=-I/path(你上面安装fftw的路径)/fftw3/include
#export LDFLAGS=-L/path(你上面安装fftw的路径)//fftw3/lib

#./configure --prefix=/path(gromacs的安装路径)/gromacs3  --enable-mpi  --without-x --with-fft=fftw3
#make
#make install


你可以按上面的试试

[ Last edited by xuefei06 on 2008-12-5 at 16:33 ]
8楼2008-12-05 16:31:58
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zzhwise

金虫 (小有名气)

呵呵
fftw也装的
装单机版的会
呵呵
我在看看
谢谢各位!
9楼2008-12-06 12:18:47
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guolu

引用回帖:
Originally posted by xuefei06 at 2008-12-5 16:31:



你是没有装FFTW,你可以下个FFTW-3的版本,安装如下:
#cd fftw-3.1.2

#./configure CC=gcc CXX=g++ FC=f77 --prefix=path(你的安装路径)/fftw3  --enable-mpi --enable-float

#make
#make install ...

你好 大侠 我按照你说的方法 安装FFTW没有异常 但在安装gromacs时 在make这一步出了错误 错误提示
checking dependency style of cc... gcc3
checking for mpxlc... no
checking for mpicc... no
checking for mpcc... no
checking for hcc... no
checking whether the MPI cc command works... configure: error: Cannot compile and link MPI code with cc


请大侠指点一下啊  多谢了 在线等!!!!
10楼2009-04-10 23:29:52
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