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Inmybloom

铜虫 (小有名气)

[求助] 克隆启动子 已有1人参与

克隆一个基因的启动子,大小在2.5K,老是p不出来,用的高保真的酶,引物两端加了酶切位点,引物没加酶切位点时NCBI-blast,特异性很好,求大神、同行们帮助,,跪谢???

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哈哈哈哈
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田生帅菜

新虫 (正式写手)

我最近也在做类似实验。不过我的序列比较短,纯启动子100bp,算上前面的调控序列才260,但前面调控我是合成的,因为都是重复序列,无法PCR。建议你分段扩增,看看短一点能不能扩出来,再融合就可以了。

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2楼2016-11-07 20:50:42
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wangxiaoguo

木虫 (正式写手)

是没加位点是可以扩出来,加了位点的引物扩不出来?可以看一下引物的匹配性,提高温度,或者用两步法试试

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202010
3楼2016-11-07 23:26:19
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寒冰利剑

金虫 (小有名气)

先设计一对不带酶切位点的引物,要尽可能覆盖启动子全长,下游可以结合在5`utr或cds上,上游尽可能靠前,测序正确后,再以此为模板,加酶切位点精确克隆。

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岂能尽如人意,但求无愧我心。
4楼2016-11-07 23:59:45
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Inmybloom

铜虫 (小有名气)

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引用回帖:
2楼: Originally posted by 田生帅菜 at 2016-11-07 20:50:42
我最近也在做类似实验。不过我的序列比较短,纯启动子100bp,算上前面的调控序列才260,但前面调控我是合成的,因为都是重复序列,无法PCR。建议你分段扩增,看看短一点能不能扩出来,再融合就可以了。
...

分段扩增,后面融合是不是会很麻烦???,而且用的是高保真酶,应该是能一次性是p出来的 ,只是带老不对

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哈哈哈哈
5楼2016-11-08 12:26:57
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Inmybloom

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangxiaoguo at 2016-11-07 23:26:19
是没加位点是可以扩出来,加了位点的引物扩不出来?可以看一下引物的匹配性,提高温度,或者用两步法试试

我没有合没有酶切位点的引物,只是blast了一下。那么我是不是可以以没有酶切位点的引物p出来的片段为模板,用带酶切位点的引物进行下一步扩增呢 ?

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哈哈哈哈
6楼2016-11-08 12:29:05
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Inmybloom

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangxiaoguo at 2016-11-07 23:26:19
是没加位点是可以扩出来,加了位点的引物扩不出来?可以看一下引物的匹配性,提高温度,或者用两步法试试

两步法具体是什么样子的,我只听说过,实验室的师兄师姐也没有用过

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哈哈哈哈
7楼2016-11-08 12:30:24
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田生帅菜

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by Inmybloom at 2016-11-08 12:26:57
分段扩增,后面融合是不是会很麻烦???,而且用的是高保真酶,应该是能一次性是p出来的 ,只是带老不对
...

融合非常简单,没做过的不一定就难做,你了解一下,其实很简单。如果你觉得条带不对,其实就是你自己都认为你没有扩出来。是不?

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8楼2016-11-08 12:31:41
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Inmybloom

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 寒冰利剑 at 2016-11-07 23:59:45
先设计一对不带酶切位点的引物,要尽可能覆盖启动子全长,下游可以结合在5`utr或cds上,上游尽可能靠前,测序正确后,再以此为模板,加酶切位点精确克隆。

我打算按你说的做一下看看,加酶切位点后还要考虑退火温度吗,片段内部要不要blast一下呢?

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哈哈哈哈
9楼2016-11-08 12:32:27
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Inmybloom

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 田生帅菜 at 2016-11-08 12:31:41
融合非常简单,没做过的不一定就难做,你了解一下,其实很简单。如果你觉得条带不对,其实就是你自己都认为你没有扩出来。是不?
...

maker对不上,有点偏差,打算用中间引物p一下看看

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哈哈哈哈
10楼2016-11-08 12:34:06
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