应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 【求助】能计算结合自由能的分子动力学工具
51/1返回列表
查看: 1575  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】能计算结合自由能的分子动力学工具

请问哪个分子动力学工具可以计算蛋白质-配体复合物的结合自由能？其原理又是什么呢？

[ Last edited by mingdong on 2009-6-13 at 21:55 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2008-12-01 10:16:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yc1986

金虫 (正式写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢!
还是用分子对接吧，gromacs算能量好像有点麻烦
比如autoduck，dock， flexx之类的，或者discovery studio它们算结合能应该不错
仅供参考。。
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2008-12-02 11:19:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
真是好孩子，问题提的不错
赞一下 回复此楼
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-12-01 13:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by yc1986 at 2008/12/2 11:19:
还是用分子对接吧，gromacs算能量好像有点麻烦
比如autoduck，dock， flexx之类的，或者discovery studio它们算结合能应该不错
仅供参考。。

对接要是准确的话就不会求助于MD了，就是因为对接结果不可靠啊
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-12-02 12:03:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流！欢迎再次光临模拟版！
Gromacs的Free energy perturbation算法可以算结合自由能

参考Gromacs手册
http://www.gromacs.org/content/view/27/42/

以及官方推荐的Tutorial
http://md.chem.rug.nl/education/Free-Energy_Course/index.html
http://www.dillgroup.ucsf.edu/gr ... ee_Energy:_Tutorial
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2008-12-02 13:06:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭