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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 【求助】能计算结合自由能的分子动力学工具
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】能计算结合自由能的分子动力学工具

请问哪个分子动力学工具可以计算蛋白质-配体复合物的结合自由能？其原理又是什么呢？

[ Last edited by mingdong on 2009-6-13 at 21:55 ]
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2008-12-01 10:16:06
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流！欢迎再次光临模拟版！
Gromacs的Free energy perturbation算法可以算结合自由能

参考Gromacs手册
http://www.gromacs.org/content/view/27/42/

以及官方推荐的Tutorial
http://md.chem.rug.nl/education/Free-Energy_Course/index.html
http://www.dillgroup.ucsf.edu/gr ... ee_Energy:_Tutorial
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5楼2008-12-02 13:06:31
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普通回帖

yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
真是好孩子，问题提的不错
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-12-01 13:51:26
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yc1986

金虫 (正式写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢!
还是用分子对接吧，gromacs算能量好像有点麻烦
比如autoduck，dock， flexx之类的，或者discovery studio它们算结合能应该不错
仅供参考。。
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3楼2008-12-02 11:19:36
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by yc1986 at 2008/12/2 11:19:
还是用分子对接吧，gromacs算能量好像有点麻烦
比如autoduck，dock， flexx之类的，或者discovery studio它们算结合能应该不错
仅供参考。。

对接要是准确的话就不会求助于MD了，就是因为对接结果不可靠啊
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-12-02 12:03:41
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yc1986

金虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢!
我好像记得autoduck和gromacs之间有接口，是不是可以导入做MD计算
还有discovery studio是有charmm模块的，也可以在zdock之后跑动力学，就是比gmx慢一些
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6楼2008-12-02 16:50:43
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by yc1986 at 2008/12/2 16:50:
我好像记得autoduck和gromacs之间有接口

请问是什么接口？如何实现？
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7楼2008-12-02 19:17:12
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yc1986

金虫 (正式写手)
只是记得在什么地方看见有人说过，自己没做过这方面的东东
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8楼2008-12-02 20:41:42
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xsfh

木虫 (小有名气)
谁能指点一下，或者给个例子？
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9楼2008-12-04 20:00:02
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
啥是结合自由能啊？
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
10楼2008-12-04 20:55:37
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