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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
【求助】能计算结合自由能的分子动力学工具
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请问哪个分子动力学工具可以计算蛋白质-配体复合物的结合自由能？其原理又是什么呢？ [ Last edited by mingdong on 2009-6-13 at 21:55 ] |
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gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流！欢迎再次光临模拟版！
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Gromacs的Free energy perturbation算法可以算结合自由能 参考Gromacs手册 http://www.gromacs.org/content/view/27/42/ 以及官方推荐的Tutorial http://md.chem.rug.nl/education/Free-Energy_Course/index.html http://www.dillgroup.ucsf.edu/gr ... ee_Energy:_Tutorial |
5楼2008-12-02 13:06:31