| 查看: 983 | 回复: 4 | |||
[交流]
gromacs运行问题 已有3人参与
|
|
有没有大神可以指点一下小弟： 我建立了一个水团，然后给水中加入了NACL离子（在加入氯化钠时，我把top文件中的ions.itp给删了，加入氯化钠后又重新加入了#include “ions.itp”），然后用grompp_mpi运行能量最小化的时候，系统提示了一个问题： Program grompp_mpi, VERSION 4.6.5 Source code file: /home/dell/gromacs-4.6.5/src/kernel/toppush.c, line: 1336 Fatal error: Atomtype Zn2+ not found For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors 我自己的想法是：可能是top文件中包含的itp文件不匹配，发现gromacs自带的ions.itp文件里定义的是ZN2+,这个问题不知道怎么样来解决，谢谢前辈们的指点。这是我的top文件内容：#include "ffoplsaa.itp" ;[ defaults ] ; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ ; 1 2 no 1.0 1.0 [atomtypes] ;name mass charge ptype sigma epsilon IW 0 0.000 D 0.0 0.0 OWT4 15.99940 0.000 A 0.31589 0.77490 HW 1.00800 0.000 A 0.00000E+00 0.00000E+00 # include "ions.itp" [moleculetype] ; name nrexcl water 1 [atoms] ; nr type resnr residu atom cgnr charge 1 OWT4 1 water OW1 1 0 15.994 2 HW 1 water HW2 1 0.5564 1.008 3 HW 1 water HW3 1 0.5564 1.008 4 IW 1 water MW4 1 -1.1128 0.0 [constraints] ;i j funct doh dhh 1 2 1 0.09572 1 3 1 0.09572 2 3 1 0.15139 [exclusions] 1 2 3 4 2 1 3 4 3 1 2 4 4 1 2 3 ; The position of the dummy is computed as follows: ; ; O ; ; D ; ; H H ; ; const = distance (OD) / [ cos (angle(DOH)) * distance (OH) ] ; 0.01546 nm / [ cos (52.26 deg) * 0.09572 nm ] ; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-x1) [dummies3] ; Dummy from funct a b 4 1 2 3 1 0.13193828 0.13193828 [system] water tip4p/2005 [molecules] water 2116 NA+ 32 CL- 32 |
回复此楼» 猜你喜欢
277求调剂 数一104分
已经有13人回复
-
304求调剂
已经有10人回复
-
求调剂
已经有5人回复
-
336求调剂，一志愿中科大
已经有6人回复
-
071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂
已经有3人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有19人回复
-
274求调剂求调剂
已经有7人回复
-
277工科求调剂
已经有10人回复
-
283分求调剂
已经有10人回复
-
295求调剂
已经有16人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子动力学模拟，如何计算需要加入的离子个数？
已经有6人回复
- Gromacs 运行GPU加速命令的问题
已经有3人回复
- gromacs中加入离子的个数计算问题
已经有5人回复
- 分子动力学模拟软件哪个适合在个人电脑上运行？
已经有12人回复
- 在网上求助计算化学问题时的注意事项-Sobereva
已经有6人回复
- 【转帖】【ZZ】使用xdrfile读取gromacs的trr和xtc文件
已经有7人回复
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2016-11-05 02:53:53
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2016-11-05 02:54:46
4楼2016-11-07 09:15:43
5楼2018-03-20 21:17:14
