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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs5.1安装教程 亲测无错全过程
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upc10131309

铜虫 (小有名气)

[交流] Gromacs5.1安装教程 亲测无错全过程

课题组以前的Gromacs都是服务器那边的工程师给装的，都是4.6版本，趁着最近心思不能集中干活，便自己动手装5.1，经过Gromacs中文组李老师、田老师、康老师等大力协助，终于安装成功，特分享安装全过程！！！欢迎交流
PS之前网上关于5.1的安装教程几乎没有，希望此贴对于重小白有用！！！
攒人品！！！
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  • 附件 1 : Gromacs5.1安装_亲测.pdf
    • 2016-11-03 20:58:20, 153.47 K

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

07280909

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厚德载物，自强不息
1楼 2016-11-03 21:03:24
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回帖置顶 ( 共有1个 )

upc10131309

铜虫 (小有名气)
upc10131309: 回帖置顶 2016-11-05 17:52:03
引用回帖:
11楼: Originally posted by robertpeter2005 at 2016-11-05 01:03:21
楼主应该说明安装环境，比如什么版本的LINUX，使用什么编译器等，不同的安装环境，库文件都不一样的，按照一模一样的步骤也不一定能顺利安装。

非常感谢你的建议！
我采用Red Hat6.3的系统，gcc version 4.4.6，MPI并行库选择OpenMPI-1.6.5。
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厚德载物，自强不息
12楼2016-11-05 17:51:39
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普通回帖

upc10131309

铜虫 (小有名气)
2楼2016-11-03 21:04:40
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liyaohui1990

木虫 (小有名气)
★ ★
upc10131309: 金币+2 2016-11-04 08:39:35
谢谢！

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-11-03 21:38:43
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gaoxichan

新虫 (小有名气)
★
upc10131309: 金币+1 2016-11-04 16:18:04
太好了，正需要呢
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4楼2016-11-04 15:46:24
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upc10131309

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoxichan at 2016-11-04 15:46:24
太好了，正需要呢

希望对你有用！！
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厚德载物，自强不息
5楼2016-11-04 16:18:13
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gaoxichan

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by upc10131309 at 2016-11-04 16:18:13
希望对你有用！！...

楼主
tar xvf cmake-2.8.12.2.tar.gz
cd cmake-2.8.12.2
./configure --prefix=/opt/cmake-2.8.12.2
gmake
输入完gmake报错了，说没有makefile. (我已经安装了gmake了)
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6楼2016-11-04 17:20:57
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upc10131309

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gaoxichan at 2016-11-04 17:20:57
楼主
tar xvf cmake-2.8.12.2.tar.gz
cd cmake-2.8.12.2
./configure --prefix=/opt/cmake-2.8.12.2
gmake
输入完gmake报错了，说没有makefile. (我已经安装了gmake了)...

有没有其他提示呢？我没遇到过这个问题啊
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厚德载物，自强不息
7楼2016-11-04 18:47:58
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gaoxichan

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
---------------------------------------------
gmake: `cmake' is up to date.
/home/wcs/gromacs/cmake-2.8.12.2/Bootstrap.cmk/cmake: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.15' not found (required by /home/wcs/gromacs/cmake-2.8.12.2/Bootstrap.cmk/cmake)
---------------------------------------------
Error when bootstrapping CMake:
Problem while running initial CMake
---------------------------------------------



gmake命令之前出现了报错，应该是这个错误导致没有makefile产生
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8楼2016-11-04 18:55:58
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upc10131309

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gaoxichan at 2016-11-04 18:55:58
---------------------------------------------
gmake: `cmake' is up to date.
/home/wcs/gromacs/cmake-2.8.12.2/Bootstrap.cmk/cmake: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.15' not found (requ ...

http://blog.csdn.net/davidwang9527/article/details/19197511
可以参照这个解决！应该是你的c编译库缺少东西！
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厚德载物，自强不息
9楼2016-11-04 19:02:19
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gaoxichan

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by upc10131309 at 2016-11-04 19:02:19
http://blog.csdn.net/davidwang9527/article/details/19197511
可以参照这个解决！应该是你的c编译库缺少东西！...

好的，好的，我处理一下

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10楼2016-11-04 19:15:43
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