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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs5.1安装教程 亲测无错全过程
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robertpeter2005

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
upc10131309: 金币+5 2016-11-05 17:47:33
楼主应该说明安装环境，比如什么版本的LINUX，使用什么编译器等，不同的安装环境，库文件都不一样的，按照一模一样的步骤也不一定能顺利安装。
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11楼2016-11-05 01:03:21
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upc10131309

铜虫 (小有名气)
upc10131309: 回帖置顶 2016-11-05 17:52:03
引用回帖:
11楼: Originally posted by robertpeter2005 at 2016-11-05 01:03:21
楼主应该说明安装环境，比如什么版本的LINUX，使用什么编译器等，不同的安装环境，库文件都不一样的，按照一模一样的步骤也不一定能顺利安装。

非常感谢你的建议！
我采用Red Hat6.3的系统，gcc version 4.4.6，MPI并行库选择OpenMPI-1.6.5。
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厚德载物，自强不息
12楼2016-11-05 17:51:39
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月灯三昧

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，您好，请问我在mdrun时出现以下错误，你有没有遇到过这样的问题
  gmx_mpi mdrun -v -deffnm em


Number of logical cores detected (8) does not match the number reported by OpenMP (1).
Consider setting the launch configuration manually!

Running on 1 node with total 8 cores, 8 logical cores
Hardware detected on host lenovo1 (the node of MPI rank 0):
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13楼2016-12-18 15:27:08
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upc10131309

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 月灯三昧 at 2016-12-18 15:27:08
楼主，您好，请问我在mdrun时出现以下错误，你有没有遇到过这样的问题
  gmx_mpi mdrun -v -deffnm em


Number of logical cores detected (8) does not match the number reported by OpenMP (1).
Consider  ...

看样子是你的openMPI不对，估计是和硬件不匹配吧。这个问题我没遇到过，你自己再看看吧
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厚德载物，自强不息
14楼2016-12-18 19:42:46
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月灯三昧

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by upc10131309 at 2016-12-18 19:42:46
看样子是你的openMPI不对，估计是和硬件不匹配吧。这个问题我没遇到过，你自己再看看吧...

好的，谢谢楼主
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15楼2016-12-18 21:21:27
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hezhancong

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主您好，我在按您的教程安装完成后，测试验证安装时出现以下错误：
GROMACS:      gmx grompp, VERSION 5.1
Executable:   /public/home/xfwen/software/gromacs-5.1/bin/gmx_mpi
Data prefix:  /public/home/xfwen/software/gromacs-5.1
Command line:
  gmx_mpi grompp –f rf_verlet.md


-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, VERSION 5.1
Source file: src/gromacs/options/options.cpp (line 248)
Function:    void gmx::Options::finish()

Error in user input:
Invalid input values
  In option f
    Required option was not provided, and the default file 'grompp' does not
    exist or is not accessible.
    The following extensions were tried to complete the file name:
      .mdp
烦请解答！不胜感激
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16楼2018-01-08 15:45:38
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07280909
送红花一朵
17楼2018-01-30 07:46:06
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yangys108
感谢分享

发自小木虫Android客户端
18楼2018-07-22 15:11:55
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zzzzzzFz

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by hezhancong at 2018-01-08 15:45:38
楼主您好，我在按您的教程安装完成后，测试验证安装时出现以下错误：
GROMACS:      gmx grompp, VERSION 5.1
Executable:   /public/home/xfwen/software/gromacs-5.1/bin/gmx_mpi
Data prefix:  /public/home/ ...

楼主问题解决了吗？我测试的时候也遇到这个问题
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19楼2020-09-04 21:42:06
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cqpopen

金虫 (小有名气)
лл
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20楼2020-12-15 09:09:22
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