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syd89522

木虫 (小有名气)

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专业: 理论和计算化学

[求助] 运行mmpbsa时显示复合物prmtop文件出错

我计算mmpbsa的时候，总是出现如下错误：

[shangyd@bioserver hc]$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o final_results_mmpbsa.dat -sp mod_wat.prmtop -cp rec-lig.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y mod_wat_md2.mdcrd
Loading and checking parameter files for compatibility...
mmpbsa_py_energy found! Using /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy
cpptraj found! Using /home/shangyd/amber14/bin/cpptraj
Preparing trajectories for simulation...
100 frames were processed by cpptraj for use in calculation.

Running calculations on normal system...

Beginning GB calculations with /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy
  calculating complex contribution...
/home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy: symbol lookup error: /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy: undefined symbol: __libm_error_support
  File "/home/shangyd/amber14/bin/MMPBSA.py", line 104, in <module>
app.run_mmpbsa()
  File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/main.py", line 218, in run_mmpbsa
self.calc_list.run(rank, self.stdout)
  File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 82, in run
calc.run(rank, stdout=stdout, stderr=stderr)
  File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 157, in run
self.prmtop))
CalcError: /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop rec-lig.prmtop!
Exiting. All files have been retained.

已经试过了各种方法，却始终不能正常进行运算，即使用官网教程中的pdb结构来构建prmtop，仍然会出现这种错误，但是用教程现成的prmtop文件来跑mmpbsa，却能够顺利计算出结果，我就是用这个命令：rec-lig= loadpdb "hc.pdb"
saveamberparm rec-lig rec-lig.prmtop rec-lig.inpcrd
来生成top文件的
在动力学之前应该如何修改pdb文件呢？我已经按照教程的步骤进行过pdb的前处理了：pdb4amber -i hc.pdb -o hc1.pdb
另外，除了mmpbsa.py、mmpbsa.pl以外，其他涉及到prmtop的模块在计算过程中都没有出现异常。
我用vmd跑出了一段含水的复合物轨迹，一共1000帧只显示出267帧，请问究竟该如何解决这种top发生错误的问题并计算mmpbsa呢？

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