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syd89522木虫 (小有名气)
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运行mmpbsa时显示复合物prmtop文件出错
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我计算mmpbsa的时候，总是出现如下错误： [shangyd@bioserver hc]$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o final_results_mmpbsa.dat -sp mod_wat.prmtop -cp rec-lig.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y mod_wat_md2.mdcrd Loading and checking parameter files for compatibility... mmpbsa_py_energy found! Using /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy cpptraj found! Using /home/shangyd/amber14/bin/cpptraj Preparing trajectories for simulation... 100 frames were processed by cpptraj for use in calculation. Running calculations on normal system... Beginning GB calculations with /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy: symbol lookup error: /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy: undefined symbol: __libm_error_support File "/home/shangyd/amber14/bin/MMPBSA.py", line 104, in <module> app.run_mmpbsa() File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/main.py", line 218, in run_mmpbsa self.calc_list.run(rank, self.stdout) File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 82, in run calc.run(rank, stdout=stdout, stderr=stderr) File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 157, in run self.prmtop)) CalcError: /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop rec-lig.prmtop! Exiting. All files have been retained. 已经试过了各种方法，却始终不能正常进行运算，即使用官网教程中的pdb结构来构建prmtop，仍然会出现这种错误，但是用教程现成的prmtop文件来跑mmpbsa，却能够顺利计算出结果，我就是用这个命令：rec-lig= loadpdb "hc.pdb" saveamberparm rec-lig rec-lig.prmtop rec-lig.inpcrd 来生成top文件的 在动力学之前应该如何修改pdb文件呢？我已经按照教程的步骤进行过pdb的前处理了：pdb4amber -i hc.pdb -o hc1.pdb 另外，除了mmpbsa.py、mmpbsa.pl以外，其他涉及到prmtop的模块在计算过程中都没有出现异常。 我用vmd跑出了一段含水的复合物轨迹，一共1000帧只显示出267帧，请问究竟该如何解决这种top发生错误的问题并计算mmpbsa呢？ |
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5楼2020-05-25 14:44:28
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终于知道该怎么解决上述问题了，以前我每次运行前都是把amber重装一遍，运行就正常了，汗~现在是这样： 如下命令利用加水复合物体系生成真空的配体、受体、复合物文件，并在命令后加上后缀 --: $AMBERHOME/bin/ante-MMPBSA.py -p mod_wat.prmtop -s ":WAT,Na+" -c rec-lig.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -m ":1-288" --radii=mbondi2 radii的半径取值取决于in文件中的igb值，一般为2或5时，上述半径值即可，其他值可在教程中查询，有详细说明。 在in文件中，只计算GBSA，不计算PBSA，显然错误就是计算PBSA时带来的，目前结合自由能和熵都已运行完毕，亲测有效！ |
6楼2020-05-28 10:08:25
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9楼2020-10-03 19:55:12
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10楼2020-10-03 19:57:08
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