24小时热门版块排行榜    

查看: 2724  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

小刚要努力

银虫 (小有名气)

[求助] 怎么用lammps进行NEB过渡态计算,特别是如何用neb_combine.py进行后处理?

最近想用lammps计算过渡态,先跑了下example中的NEB例子,跑完后,后续处理好像要用到Pizza.py中的neb_combine.py小程序,搞了很久没有弄好。

求大神指点:用lammps计算NEB的流程怎样?怎么进行后处理?
回复此楼
欲戴王冠,必承其重
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向上吧123

新虫 (初入文坛)

请问楼主neb计算后数据是如何处理的,求指点迷津。得到好几个log文件要用到的数据到底是哪些呢?
5楼2018-08-31 16:49:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

S201509038

新虫 (初入文坛)

楼主,我也想用neb算过渡态,但是运行自带的例子in.neb.sivac时总出现Cannot use NEB with a single replica,请问你是怎么运行的啊?在线等

发自小木虫Android客户端
2楼2016-11-07 15:51:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小刚要努力

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by S201509038 at 2016-11-07 15:51:38
楼主,我也想用neb算过渡态,但是运行自带的例子in.neb.sivac时总出现Cannot use NEB with a single replica,请问你是怎么运行的啊?在线等

应该是你的使用的CPU数量的问题。
mpirun -np 3 lmp_linux -partition 3x1 -in in.neb.sivac
用例子中的类似命令输入,应该不会有问题吧。
欲戴王冠,必承其重
3楼2016-11-07 16:16:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

杨and王

新虫 (初入文坛)

楼主,请问这个问题解决了吗?可以分享一下解决方法吗?

发自小木虫Android客户端
4楼2017-05-09 21:00:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +7 瞬息宇宙 2026-09-01 14/700 2026-09-02 17:33 by ma0526
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
信息提示
请填处理意见