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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 怎么用lammps进行NEB过渡态计算，特别是如何用neb_combine.py进行后处理？
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小刚要努力

银虫 (小有名气)

[求助] 怎么用lammps进行NEB过渡态计算，特别是如何用neb_combine.py进行后处理？

最近想用lammps计算过渡态，先跑了下example中的NEB例子，跑完后，后续处理好像要用到Pizza.py中的neb_combine.py小程序，搞了很久没有弄好。

求大神指点：用lammps计算NEB的流程怎样？怎么进行后处理？
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欲戴王冠，必承其重
1楼 2016-11-01 09:41:03
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S201509038

新虫 (初入文坛)
楼主，我也想用neb算过渡态，但是运行自带的例子in.neb.sivac时总出现Cannot use NEB with a single replica，请问你是怎么运行的啊？在线等

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2楼2016-11-07 15:51:38
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小刚要努力

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by S201509038 at 2016-11-07 15:51:38
楼主，我也想用neb算过渡态，但是运行自带的例子in.neb.sivac时总出现Cannot use NEB with a single replica，请问你是怎么运行的啊？在线等

应该是你的使用的CPU数量的问题。
mpirun -np 3 lmp_linux -partition 3x1 -in in.neb.sivac
用例子中的类似命令输入，应该不会有问题吧。
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欲戴王冠，必承其重
3楼2016-11-07 16:16:06
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杨and王

新虫 (初入文坛)
楼主，请问这个问题解决了吗？可以分享一下解决方法吗？

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4楼2017-05-09 21:00:44
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向上吧123

新虫 (初入文坛)
请问楼主neb计算后数据是如何处理的，求指点迷津。得到好几个log文件要用到的数据到底是哪些呢？
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5楼2018-08-31 16:49:59
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