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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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小刚要努力

银虫 (小有名气)

[求助] 怎么用lammps进行NEB过渡态计算,特别是如何用neb_combine.py进行后处理?

最近想用lammps计算过渡态,先跑了下example中的NEB例子,跑完后,后续处理好像要用到Pizza.py中的neb_combine.py小程序,搞了很久没有弄好。

求大神指点:用lammps计算NEB的流程怎样?怎么进行后处理?
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杨and王

新虫 (初入文坛)

楼主,请问这个问题解决了吗?可以分享一下解决方法吗?

发自小木虫Android客户端
4楼2017-05-09 21:00:44
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S201509038

新虫 (初入文坛)

楼主,我也想用neb算过渡态,但是运行自带的例子in.neb.sivac时总出现Cannot use NEB with a single replica,请问你是怎么运行的啊?在线等

发自小木虫Android客户端
2楼2016-11-07 15:51:38
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小刚要努力

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by S201509038 at 2016-11-07 15:51:38
楼主,我也想用neb算过渡态,但是运行自带的例子in.neb.sivac时总出现Cannot use NEB with a single replica,请问你是怎么运行的啊?在线等

应该是你的使用的CPU数量的问题。
mpirun -np 3 lmp_linux -partition 3x1 -in in.neb.sivac
用例子中的类似命令输入,应该不会有问题吧。
欲戴王冠,必承其重
3楼2016-11-07 16:16:06
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向上吧123

新虫 (初入文坛)

请问楼主neb计算后数据是如何处理的,求指点迷津。得到好几个log文件要用到的数据到底是哪些呢?
5楼2018-08-31 16:49:59
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