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zzk1

应助: (幼儿园)
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虫号: 525444

[交流] 求助一个晶体解析的问题

对于某个晶体，知道晶胞参数和原子坐标：
如何通过软件产生它的cif文件，或者其他的可以在软件中编辑，查看的文件，如res，ins，我主要是想直观地了解这个晶体的结构
我在diamond3中，新建diamdoc文件，将晶胞参数和原子坐标输入，但是得到的结构看起来很奇怪，似乎少了什么条件限制。
望高手解答，谢谢！

Zn(3)[PO(4)](2).4H(2)O

Orthorhombic  P nma  Z = 4

R =0.068          NR =1471

14 .10 .1993

Ref.Str.:
      Whitaker A.(1975)
      * Acta Cryst., B 31, 2026-2035
      R: T.V.Ush.

                  Initial data from file TRANS.DAT

  Lattice parameters (cub. angs.,degr.):

         a =  10.6290 alpha = 90.00
         b =  18.3390 beta  = 90.00
         c = 5.0400 gamma = 90.00

  Unit cell volume (cub. angs.) = 982.42

  Molar volume ( cub.cm/mol.) = 147.94

Co-ordinates, thermal parameters, occupation for atomic positions:

NoP x/a    y/b    z/c B(j) atom  / occupation

  1  0.2362  0.2500  0.5728 0.00 Zn = 1.00
  2  0.1427  0.9991  0.2077 0.00 Zn = 1.00
  3  0.1028  0.0942  0.7259 0.00 P    = 1.00
  4  0.1074  0.2500  0.2573 0.00 O    = 1.00
  5  0.3861  0.2500  0.8490 0.00 O    = 1.00
  6  0.3352  0.1698  0.3392 0.00 O    = 1.00
  7  0.1401  0.1726  0.7847 0.00 O    = 1.00
  8  0.1000  0.0799  0.4298 0.00 O    = 1.00
  9  0.4755  0.0787  0.6414 0.00 O    = 1.00
10  0.1980  0.0407  0.8607 0.00 O    = 1.00
11  0.1220  0.1880  0.1210 0.00 H    = 1.00
12  0.4560  0.1980  0.7920 0.00 H    = 1.00
13  0.2330  0.1340  0.2480 0.00 H    = 1.00
14  0.3960  0.1360  0.4930 0.00 H    = 1.00

  Full unit cell contains       100  positions

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1楼 2008-11-28 22:08:00

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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

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★
warlen(金币+1,VIP+0):多谢应助！

大致如下, 假设你给的原子坐标是对的.

SFAC C H P O Zn
UNIT 0 40 54 27 54

Zn1 5  0.2362  0.2500  0.5728  10.500  0.05
Zn2 5  0.1427  0.9991  0.2077 11.000  0.05
P1 3  0.1028  0.0942  0.7259 11.000  0.05
O1  4  0.1074  0.2500  0.2573 10.500 0.05
O2  4  0.3861  0.2500  0.8490 10.500 0.05
O3  4  0.3352  0.1698  0.3392 11.000 0.05
O4  4  0.1401  0.1726  0.7847 11.000 0.05
O5  4  0.1000  0.0799  0.4298 11.000 0.05
O6  4  0.4755  0.0787  0.6414 11.000 0.05
O7  4  0.1980  0.0407  0.8607 11.000 0.05
H1  2  0.1220  0.1880  0.1210 11.000 0.05
H2  2  0.4560  0.1980  0.7920 11.000 0.05
H3  2  0.2330  0.1340  0.2480 11.000 0.05
H4  2  0.3960  0.1360  0.4930 11.000 0.05