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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zzk1

[交流] 求助一个晶体解析的问题

对于某个晶体，知道晶胞参数和原子坐标：
如何通过软件产生它的cif文件，或者其他的可以在软件中编辑，查看的文件，如res，ins，我主要是想直观地了解这个晶体的结构
我在diamond3中，新建diamdoc文件，将晶胞参数和原子坐标输入，但是得到的结构看起来很奇怪，似乎少了什么条件限制。
望高手解答，谢谢！

Zn(3)[PO(4)](2).4H(2)O


Orthorhombic  P nma  Z = 4

R =0.068           NR =1471

14 .10 .1993

Ref.Str.:
         Whitaker A.(1975)
        * Acta Cryst., B 31, 2026-2035
        R: T.V.Ush.


                    Initial data from file TRANS.DAT

  Lattice parameters (cub. angs.,degr.):

             a =  10.6290   alpha =   90.00
             b =  18.3390   beta  =   90.00
             c =   5.0400   gamma =   90.00

  Unit cell volume (cub. angs.) =   982.42

  Molar volume ( cub.cm/mol.) =   147.94

   Co-ordinates, thermal parameters, occupation for atomic positions:

NoP   x/a     y/b     z/c    B(j)   atom  / occupation

  1  0.2362  0.2500  0.5728   0.00   Zn    = 1.00
  2  0.1427  0.9991  0.2077   0.00   Zn    = 1.00
  3  0.1028  0.0942  0.7259   0.00   P     = 1.00
  4  0.1074  0.2500  0.2573   0.00   O     = 1.00
  5  0.3861  0.2500  0.8490   0.00   O     = 1.00
  6  0.3352  0.1698  0.3392   0.00   O     = 1.00
  7  0.1401  0.1726  0.7847   0.00   O     = 1.00
  8  0.1000  0.0799  0.4298   0.00   O     = 1.00
  9  0.4755  0.0787  0.6414   0.00   O     = 1.00
10  0.1980  0.0407  0.8607   0.00   O     = 1.00
11  0.1220  0.1880  0.1210   0.00   H     = 1.00
12  0.4560  0.1980  0.7920   0.00   H     = 1.00
13  0.2330  0.1340  0.2480   0.00   H     = 1.00
14  0.3960  0.1360  0.4930   0.00   H     = 1.00

  Full unit cell contains        100  positions
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1楼 2008-11-28 22:08:00
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
要不要我来帮你产生?

具体地说, 是用xprep产生一个.ins文件, 然后在编辑入坐标.
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xi2004-emuch@163.com
2楼2008-11-28 22:45:24
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zzk1

谢谢，我尝试了一下，ins文件建好了，但是如何输入原子坐标？或者说如何编辑原子坐标？我参看了shelxtl的部分说明书，没有详细说明，之所以说是部分，是因为我没有完整的。请问可以说明一下么？提示性的也可以。谢谢！
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3楼2008-11-29 17:07:13
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
warlen(金币+1,VIP+0):多谢应助！
大致如下, 假设你给的原子坐标是对的.

SFAC C H P O Zn
UNIT 0 40 54 27 54


Zn1 5  0.2362  0.2500  0.5728  10.500  0.05
Zn2 5  0.1427  0.9991  0.2077   11.000  0.05
P1   3  0.1028  0.0942  0.7259   11.000  0.05
O1  4  0.1074  0.2500  0.2573   10.500   0.05
O2  4  0.3861  0.2500  0.8490   10.500   0.05
O3  4  0.3352  0.1698  0.3392   11.000   0.05
O4  4  0.1401  0.1726  0.7847   11.000   0.05
O5  4  0.1000  0.0799  0.4298   11.000   0.05
O6  4  0.4755  0.0787  0.6414   11.000   0.05
O7  4  0.1980  0.0407  0.8607   11.000   0.05
H1  2  0.1220  0.1880  0.1210   11.000   0.05
H2  2  0.4560  0.1980  0.7920   11.000   0.05
H3  2  0.2330  0.1340  0.2480   11.000   0.05
H4  2  0.3960  0.1360  0.4930   11.000   0.05
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xi2004-emuch@163.com
4楼2008-11-29 17:48:28
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zzk1

非常感谢！
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5楼2008-11-29 17:57:52
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
不过好象其氢的位置有点可以, 和o的距离太远啊.
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xi2004-emuch@163.com
6楼2008-11-29 18:01:57
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