应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Wien2k&FLAPW&ELK » wien2k在amd架构服务器上整个的编译过程与大家分享
141/1返回列表
查看: 1126  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【奖励】 本帖被评价3次，作者wax54增加金币 3 个
当前主题已经存档。

wax54

铜虫 (小有名气)

[资源] wien2k在amd架构服务器上整个的编译过程与大家分享

wien2k在amd架构服务器上整个的编译过程与大家分享

[ Last edited by wuli8 on 2008-12-8 at 11:25 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-11-28 20:00:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liminfang


★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答，欢迎参加讨论
我使用过gunplot需要一定的编程命令，并且要把数据例外存储！！！
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-11-28 22:21:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wax54

铜虫 (小有名气)
★ ★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励讨论
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励讨论,能否再写详细点，以供其他人参考？
昨天和一个老师一起编译wien，他装suse的时候把所有的选项都选上了，gnuplot也自动装上了，按照我的编译步骤试验，结果运行TiC，直接就把图显示出来了。唉~~，帮他弄了半天结果把自己的问题给解决了，呵呵。
赞一下(20人) 回复此楼
3楼2008-11-29 13:12:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wax54

铜虫 (小有名气)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
应管理员的要求，我准备把wien2k在amd架构服务器上整个的编译过程与大家分享。希望可以对初接触wien的虫友一些帮助。在下其实也刚刚接触，能力有限，错误之处还望各位多多指正。另外，由于本人对wien2k的程序还不熟悉，也希望就计算过程中出现的问题与大家多多交流。
1、系统的安装
    因为要用服务器搭建一个简单的集群，为了参考车静光老师的《微机集群组建、优化和管理》，所以决定选用suse linux。我用的是enterprise sever x86-64版。设置需要安装软件的时候，即使全部选中也还有很多的package没有安装。这时，可以按detail键，选择package group在其中查找gunplot，将其选中，否这运行wien2k的时候无法显示态密度图。
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-12-01 13:09:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wax54

铜虫 (小有名气)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
2、编译器的安装
    我选择了pgi的编译器7.0所谓的tbe版，不知道是不是破解版，还没有过15天。安装起来比较容易，将过程略去。
3、Mpich2的安装
    安装之前执行export FC=pgf90 CC=pgcc FFLAGS="-mcmodel=medium" CFLAGS=="-mcmodel=medium" CCFLAGS=="-mcmodel=medium" RSHCOMMAND=rsh
    mkdir /where_you_install_mpich2
   ./configure -prefix=/where_you_install_mpich2
    make
    make install
    PS：安装结束别忘记声明
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2008-12-01 13:15:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wax54

铜虫 (小有名气)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
4、数学库的安装
     数学库的选择颇为麻烦。听说对于amd的平台，pgi+libgoto运算最快。对数学库不熟悉的我最初尝试了用intel的ifort，icc和intel的mkl。我发现mkl的设置非常麻烦，尤其9和10架构有较大的差异，导致很难编译成功（尽管我参考了那篇著名的《Compiling Wien2k on Intel based systems with Suse Linux》）。按照Fecher的建议，我选择了mkl9，但是设置并行的时候还需要自己从网上下载blacs，scalapack等等，编译起来非常麻烦，极有可能设置错误。mkl10包含了scalapack,但是userguide对结构的介绍让人头疼。后来参考了一位网友编译的例子（对不起，现在找不到那篇帖子了，无法指名出处），感觉编译过程中参数设置非常奇怪，即使编译通过，运算过程还是出现错误。后来我发现了张挺的一篇关于上海超级计算中心编译wien2k的文章，按照上面的介绍，我选择了amd的核心数学库acml3.1，不过为了方便并减少可能出错的环节，我选择了amdscalapck3.1。这两个数学库安装起来相当容易，没有了繁琐的makefile的设置过程，只要install就可以了。
赞一下(10人) 回复此楼
6楼2008-12-01 13:31:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wax54

铜虫 (小有名气)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
5、编译过程
     gunzip *.gz
     chmod +X ./expand_lapw
    ./expand_lapw (由于这三个过程都非常容易，略过)
    下面我重点说下./siteconfig_lapw
    系统的选择 ：选择L (linux+pgi )
    接下来的设置非常容易，基本选择默认的设置就可以。需要指出的是，在设置LDFLAGS时，最好给出绝对路径。我试了几次没有给出决定路径，总是提示找不到blas或者lapack。
    接下来是并行过程的设置。如果虫友的计算环境是单台多cpu的工作站或者服务器，shared memory一项选择y，接下来选择y和mpif90。如果为集群，可以选择n，rsh，y和mpif90。
    下面最重要的RP_LIBS的设置。我起初按照张挺文章上的设置，编译过程总是抱错。我后来在compile message中发现出错可能和RP_LIBS中设置的顺序有关（只是感觉，不知是否正确）。以下是我的具体参数设置（我将数学库和编译起都安装在了/opt目录中）：  /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libscalapack.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libacml.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacsF77init.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacsCinit.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacs.a
赞一下(10人) 回复此楼
7楼2008-12-01 13:53:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wax54

铜虫 (小有名气)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
6、编译
     选择编译全部的程序，编译过程可能持续10几分钟。
结语
    按照上述编译过程我在集群上试验了TiC的例子，计算成功。然而对于LaSrMnO的例子在计算至lapw2时候始终失败，可能是我对程序不够熟悉，部分参数设置有误吧。计算过程中我一直选择的是k点并行，因为我的集群只有40个核心。mpi并行不知道是否设置成功，欢迎大家多多提供信息。
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-12-01 14:06:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
谢谢
辛苦了
回复此楼
9楼2008-12-07 20:34:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bearpow

木虫 (著名写手)
学习学习！
回复此楼
10楼2008-12-08 11:01:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuli8

荣誉版主 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

回复此楼
11楼2008-12-08 11:26:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bearpow

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

amdscalpack3.1哪能下载？google了一下没找到！
赞一下 回复此楼
12楼2008-12-08 11:46:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wax54

铜虫 (小有名气)
在amd上面有，你下载acml时，选择以前的版本，仔细查找目录就可以发现了。
赞一下 回复此楼
14楼2008-12-10 15:04:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
fegg750213楼
2008-12-08 14:31   回复  
 
相关版块跳转 我要订阅楼主 wax54 的主题更新
141/1返回列表
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭