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wien2k在amd架构服务器上整个的编译过程与大家分享
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wien2k在amd架构服务器上整个的编译过程与大家分享 [ Last edited by wuli8 on 2008-12-8 at 11:25 ] |
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2楼2008-11-28 22:21:47
3楼2008-11-29 13:12:01
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fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
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应管理员的要求，我准备把wien2k在amd架构服务器上整个的编译过程与大家分享。希望可以对初接触wien的虫友一些帮助。在下其实也刚刚接触，能力有限，错误之处还望各位多多指正。另外，由于本人对wien2k的程序还不熟悉，也希望就计算过程中出现的问题与大家多多交流。 1、系统的安装 因为要用服务器搭建一个简单的集群，为了参考车静光老师的《微机集群组建、优化和管理》，所以决定选用suse linux。我用的是enterprise sever x86-64版。设置需要安装软件的时候，即使全部选中也还有很多的package没有安装。这时，可以按detail键，选择package group在其中查找gunplot，将其选中，否这运行wien2k的时候无法显示态密度图。 |
4楼2008-12-01 13:09:22
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fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
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2、编译器的安装 我选择了pgi的编译器7.0所谓的tbe版，不知道是不是破解版，还没有过15天。安装起来比较容易，将过程略去。 3、Mpich2的安装 安装之前执行export FC=pgf90 CC=pgcc FFLAGS="-mcmodel=medium" CFLAGS=="-mcmodel=medium" CCFLAGS=="-mcmodel=medium" RSHCOMMAND=rsh mkdir /where_you_install_mpich2 ./configure -prefix=/where_you_install_mpich2 make make install PS：安装结束别忘记声明 |
5楼2008-12-01 13:15:26
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fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
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4、数学库的安装 数学库的选择颇为麻烦。听说对于amd的平台，pgi+libgoto运算最快。对数学库不熟悉的我最初尝试了用intel的ifort，icc和intel的mkl。我发现mkl的设置非常麻烦，尤其9和10架构有较大的差异，导致很难编译成功（尽管我参考了那篇著名的《Compiling Wien2k on Intel based systems with Suse Linux》）。按照Fecher的建议，我选择了mkl9，但是设置并行的时候还需要自己从网上下载blacs，scalapack等等，编译起来非常麻烦，极有可能设置错误。mkl10包含了scalapack,但是userguide对结构的介绍让人头疼。后来参考了一位网友编译的例子（对不起，现在找不到那篇帖子了，无法指名出处），感觉编译过程中参数设置非常奇怪，即使编译通过，运算过程还是出现错误。后来我发现了张挺的一篇关于上海超级计算中心编译wien2k的文章，按照上面的介绍，我选择了amd的核心数学库acml3.1，不过为了方便并减少可能出错的环节，我选择了amdscalapck3.1。这两个数学库安装起来相当容易，没有了繁琐的makefile的设置过程，只要install就可以了。 |
6楼2008-12-01 13:31:27
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fegg7502(金币+1,VIP+0):thanks
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5、编译过程 gunzip *.gz chmod +X ./expand_lapw ./expand_lapw (由于这三个过程都非常容易，略过) 下面我重点说下./siteconfig_lapw 系统的选择 ：选择L (linux+pgi ) 接下来的设置非常容易，基本选择默认的设置就可以。需要指出的是，在设置LDFLAGS时，最好给出绝对路径。我试了几次没有给出决定路径，总是提示找不到blas或者lapack。 接下来是并行过程的设置。如果虫友的计算环境是单台多cpu的工作站或者服务器，shared memory一项选择y，接下来选择y和mpif90。如果为集群，可以选择n，rsh，y和mpif90。 下面最重要的RP_LIBS的设置。我起初按照张挺文章上的设置，编译过程总是抱错。我后来在compile message中发现出错可能和RP_LIBS中设置的顺序有关（只是感觉，不知是否正确）。以下是我的具体参数设置（我将数学库和编译起都安装在了/opt目录中）： /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libscalapack.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libacml.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacsF77init.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacsCinit.a /opt/acml3.1.0/pgi64/lib/libblacs.a |
7楼2008-12-01 13:53:45
8楼2008-12-01 14:06:08
9楼2008-12-07 20:34:26
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11楼2008-12-08 11:26:13
12楼2008-12-08 11:46:44
14楼2008-12-10 15:04:02
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fegg750213楼
2008-12-08 14:31
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