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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子动力学建cubic cell 的问题
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 yyx19840628 的 5 个金币

yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...

[交流] 【求助】分子动力学建cubic cell 的问题

The simulations in explicit water were carried
out by adding to this geometry of the cyclodextrins optimized
in vacuo more than one thousand of water molecules
with a density to 1 g cm3 in a cubic cell with edge sizes of
33A ˚ and with periodic boundary conditions.
把我要分析的主体分子和无数水分子塞进cubic cell里，我不懂这个cubic cell是什么？怎样用MS构建？ 是不是建立一个amorphous cell？ edge sizes of
33A ˚是啥意思？
还有我做单个分子的动力学discover，做完了，文档被锁住了，不能操作，不知道为什么？已经多次发生这种问题了。操作的时候鼠标旁边有一个小锁。、
请高手帮我解决一下好吗？
谢谢。

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 13:49 ]
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
1楼 2008-11-27 21:47:01
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
自己顶一下
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-11-27 21:47:58
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
cubic cell就是你的simulation box

这段话的意思就是把一个环糊精分子及一千多个水分子放入一个边长为33埃（3.3纳米）的立方体中，具体分子数目取决于水的密度（1g/cm3）。相当于溶解，作为MD的初始结构。

只用过Gromacs，不知道MS怎么操作。
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3楼2008-11-27 22:10:20
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
我就是想问MS怎么操作啊！呜呜！我当然知道这段话的意思。谢谢你了
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
4楼2008-11-28 08:41:31
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
gwdavid(金币+0,VIP+0):呵呵
版主我要 拿回我的金币。没人回到我呀。
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
5楼2008-11-28 16:15:48
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