| 查看: 3757 | 回复: 4 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
求助 vasp计算过渡态提交任务无法运行 已有1人参与
|
|||
|
最近进行neb计算，遇到几个问题想请教下虫友 1、 在北京超算中心上提交过渡态任务 vasp版本是5.2 通过脚本提交三个节点共48个核计算 通过查看任务 任务提交上了 但是很快就停了 输出文件OUTCAR也是0字节。插入了3个image.   2、还有在插值时 命令nebmake.pl 前面必须加perl才可以 而且生成的01-03文件夹也在可执行文件所在的目录生成 无法在含有可执行文件的子目录下执行nebmake命令  3、http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10728477&fpage=1 我学习这个编译 在一台Cent OS 6.5工作站上安装了vasp5.4 安装过程没有报错 但是提不上任务 提交任务并不显示错误 但是top 查看没有正在运行的任务。 提交命令用的./vasp.sh& 提交任务时总提示没有权限 我输入了chmod u+x vasp.sh命令 下次执行还是没有权限 脚本内容 #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=1500:00:00 #PBS -j oe #PBS -q batch #PBS -V VASP_PATH=/home/test/vasp.5.4.1/bin export PATH=${VASP_PATH}:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH source /home/test/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64 export PATH=/home/test/intel/composerxe/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH export PATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH export MANPATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH mpirun -np 8 vasp_std >& log  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 NEB计算 |
» 猜你喜欢
垃圾破二本职称评审标准
已经有19人回复
-
职称评审没过，求安慰
已经有53人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有5人回复
-
26申博自荐
已经有3人回复
-
A期刊撤稿
已经有4人回复
5楼2019-09-27 18:15:10
冯亚娟
金虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 2694.5
- 红花: 7
- 帖子: 328
- 在线: 121.4小时
- 虫号: 2721395
- 注册: 2013-10-13
- 性别: MM
- 专业: 原子和分子物理
2楼2017-03-16 21:43:20
冯亚娟
金虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 2694.5
- 红花: 7
- 帖子: 328
- 在线: 121.4小时
- 虫号: 2721395
- 注册: 2013-10-13
- 性别: MM
- 专业: 原子和分子物理
3楼2017-03-16 22:33:52
4楼2017-04-10 15:17:08