24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3613)
>虫友互识 (1828)
>休闲灌水 (784)
>导师招生 (91)
>文献求助 (70)
>基金申请 (37)
>论文投稿 (37)
>论文道贺祈福 (32)
>考博 (32)
>博后之家 (30)
>考研 (30)
>硕博家园 (28)
>微米和纳米 (27)
>教师之家 (26)
>公派出国 (21)
>找工作 (19)

返回列表

yetchen

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2.5
帖子: 26
在线: 19.6小时
虫号: 3646376
注册: 2015-01-15
专业: 粘合剂

[求助] 求助 vasp计算过渡态提交任务无法运行已有1人参与

最近进行neb计算，遇到几个问题想请教下虫友
1、在北京超算中心上提交过渡态任务 vasp版本是5.2 通过脚本提交三个节点共48个核计算通过查看任务任务提交上了但是很快就停了输出文件OUTCAR也是0字节。插入了3个image.

2、还有在插值时命令nebmake.pl 前面必须加perl才可以而且生成的01-03文件夹也在可执行文件所在的目录生成无法在含有可执行文件的子目录下执行nebmake命令

   3、http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10728477&fpage=1 我学习这个编译在一台Cent OS 6.5工作站上安装了vasp5.4  安装过程没有报错但是提不上任务  提交任务并不显示错误但是top 查看没有正在运行的任务。
         提交命令用的./vasp.sh&  提交任务时总提示没有权限  我输入了chmod  u+x  vasp.sh命令下次执行还是没有权限
         脚本内容
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V

VASP_PATH=/home/test/vasp.5.4.1/bin
export PATH=${VASP_PATH}:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /home/test/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/home/test/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH

mpirun -np 8 vasp_std >& log