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yetchen

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助 vasp计算过渡态提交任务无法运行 已有1人参与

最近进行neb计算,遇到几个问题想请教下虫友
       1、 在北京超算中心上提交过渡态任务  vasp版本是5.2  通过脚本提交三个节点共48个核计算  通过查看任务  任务提交上了 但是很快就停了  输出文件OUTCAR也是0字节。插入了3个image.
         求助 vasp计算过渡态提交任务无法运行
         求助 vasp计算过渡态提交任务无法运行-1
       2、还有在插值时 命令nebmake.pl 前面必须加perl才可以  而且生成的01-03文件夹也在可执行文件所在的目录生成  无法在含有可执行文件的子目录下执行nebmake命令
         求助 vasp计算过渡态提交任务无法运行-2
       3、http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10728477&fpage=1 我学习这个编译 在一台Cent OS 6.5工作站上安装了vasp5.4  安装过程没有报错 但是提不上任务  提交任务并不显示错误 但是top 查看没有正在运行的任务。
           提交命令用的./vasp.sh&  提交任务时总提示没有权限  我输入了chmod  u+x  vasp.sh命令 下次执行还是没有权限
           脚本内容
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=1500:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -V

VASP_PATH=/home/test/vasp.5.4.1/bin
export PATH=${VASP_PATH}:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
source /home/test/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/home/test/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/home/test/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH

mpirun -np 8 vasp_std >& log
求助 vasp计算过渡态提交任务无法运行-3
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热望如鲸歌

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 冯亚娟 at 2017-03-16 22:33:52
对于问题2原因是:需要将Vasp.pm(在脚本文件里面)与nebmake.pl放置在同一文件夹下面计算。

就按提示操作就好了,将vtst....中的Vasp.pm放到nebmake.pl的目录下。已试,成功
4楼2017-04-10 15:17:08
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查看全部 5 个回答

冯亚娟

金虫 (正式写手)

楼主是否解决neb的问题,我在学习时,用nebmake.pl 脚本插入images时候显示与你一样的错误,不知道怎么解决,请求帮助,万分感谢
2楼2017-03-16 21:43:20
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冯亚娟

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

对于问题2原因是:需要将Vasp.pm(在脚本文件里面)与nebmake.pl放置在同一文件夹下面计算。
3楼2017-03-16 22:33:52
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萌哒哒嘟嘟

新虫 (初入文坛)

所以楼主怎么解决问题1的呀

发自小木虫Android客户端
5楼2019-09-27 18:15:10
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