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kohn木虫 (正式写手)
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[求助]gaussian优化结构的时候怎么固定原子阿?
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使用gaussian优化结构的时候想固定住几个原子,看了Help,好像就只能用ModRedundant命令.但这个命令的语法实在是没有搞明白. 哪位能否给一个例子?最好是一个gif文件。 谢谢了！ |
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关键词里用Opt=ModRedundant，分子说明部分之后空行后对冻结做说明，如用内坐标冻结实例： # HF/6-31G* Opt=ModRedundant Test Partial optimization 1 1 C H 1 R1 H 1 R1 2 A1 O 1 R2 2 A2 3 120.0 H 4 R3 3 A3 2 180.0 A1=120.0 ... R3=1.1 4 5 1.3 F 5 4 3 2 F 这个输入固定O-H键和到最后一个氢原子的二面角，用这种方法定义的任何值都不能和前面Z矩阵列出的值相同（这里就是O-H键长）；通过调整结构来保证这个限制，限制的值可选，如该例中第二个修改的内坐标默认为Z矩阵的值（180.0）。 或者分子说明部分中可选的第二个位置，设为-1（默认为0），那么几何优化时该原子就被冻结了。输入部分之后不用再做冻结说明了。 C -1 0.0 0.0 0.0 H 0 0.0 0.0 0.9 ... 上例中C被冻结 |
2楼2008-11-27 09:18:44
kohn
木虫 (正式写手)
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3楼2008-11-27 10:43:12
4楼2008-11-27 14:21:00
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%mem=800mb %chk=trans-cage.chk #t opt am1 scf=maxcycle=999 Title 0 1 O -1 7.033600 -3.946100 -2.047400 O -1 -0.913200 -9.215600 -2.011800 O -1 -6.186200 -1.274300 -2.055000 O -1 1.759900 3.998700 -2.102500 O -1 1.350900 -7.728700 -4.740400 O -1 -0.913200 -9.215600 2.011800 O -1 4.769000 -5.403900 4.778900 O -1 3.261400 1.713800 -4.805600 O -1 1.759900 3.998700 2.102500 O -1 5.531600 -1.635300 4.753900 O -1 -4.686600 -3.560600 -4.758000 O -1 -0.499800 2.545300 4.726700 O -1 1.350900 -7.728700 4.740400 O -1 3.261400 1.713800 4.805600 O -1 4.769000 -5.403900 -4.778900 O -1 5.531600 -1.635300 -4.753900 O -1 -2.412100 -6.909300 4.791900 O -1 -3.923900 0.207800 -4.787900 O -1 -6.186200 -1.274300 2.055000 O -1 7.033600 -3.946100 2.047400 O -1 -0.499800 2.545300 -4.726700 O -1 -3.923900 0.207800 4.787900 O -1 -4.686600 -3.560600 4.758000 O -1 -2.412100 -6.909300 -4.791900 O -1 5.705000 -6.190800 -2.404700 O -1 -3.155800 -7.889100 -2.390600 O -1 -4.857900 0.965100 -2.446200 O -1 4.002200 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0.000000 H 0 -2.572200 -2.224600 0.000000 C 0 -0.677000 -1.231700 0.000000 N 0 -0.045400 -2.501900 0.000000 N 0 1.214700 -2.465700 0.000000 C 0 1.846300 -3.735900 0.000000 C 0 1.169100 -4.967800 0.000000 H 0 0.085400 -4.967600 0.000000 C 0 1.897400 -6.151200 0.000000 H 0 1.376800 -7.104400 0.000000 C 0 3.297800 -6.122600 0.000000 C 0 3.971300 -4.900100 0.000000 C 0 3.247100 -3.709600 0.000000 H 0 3.741600 -2.743500 0.000000 H 0 -3.887700 -0.093500 0.000000 H 0 5.056700 -4.875000 0.000000 H 0 -2.690100 2.084200 0.000000 H 0 3.858900 -7.052500 0.000000 谢谢给金币了，呵呵，这是我跟别人要的，也还在试着算 |
5楼2008-11-28 08:32:26
