应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » [求助]gaussian优化结构的时候怎么固定原子阿?
51/1返回列表
查看: 934  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

kohn

木虫 (正式写手)

[交流] [求助]gaussian优化结构的时候怎么固定原子阿?

使用gaussian优化结构的时候想固定住几个原子,看了Help,好像就只能用ModRedundant命令.但这个命令的语法实在是没有搞明白.
哪位能否给一个例子?最好是一个gif文件。

谢谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-11-26 23:14:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyy291

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
kohn(金币+3,VIP+0):只有你一个人回复，金币全部给你吧：）能否给我发两个个完整的gif文件。谢谢！
深入我就不太清楚了，呵呵，也是一边学一边尝试着的
赞一下(1人) 回复此楼
如果无法忘记，就不要忘记好了，真正的忘记是不需要努力的。
4楼2008-11-27 14:21:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

yyy291

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
kohn(金币+2,VIP+0):谢谢！
yyx19840628(金币+1,VIP+0):谢谢共享
关键词里用Opt=ModRedundant，分子说明部分之后空行后对冻结做说明，如用内坐标冻结实例：
# HF/6-31G* Opt=ModRedundant Test
Partial optimization
1 1
C
H 1 R1
H 1 R1 2 A1
O 1 R2 2 A2 3 120.0
H 4 R3 3 A3 2 180.0
A1=120.0
...
R3=1.1

4 5             1.3 F
5 4 3 2             F


这个输入固定O-H键和到最后一个氢原子的二面角，用这种方法定义的任何值都不能和前面Z矩阵列出的值相同（这里就是O-H键长）；通过调整结构来保证这个限制，限制的值可选，如该例中第二个修改的内坐标默认为Z矩阵的值（180.0）。





或者分子说明部分中可选的第二个位置，设为-1（默认为0），那么几何优化时该原子就被冻结了。输入部分之后不用再做冻结说明了。

C     -1     0.0     0.0    0.0
H      0     0.0     0.0    0.9
...


上例中C被冻结
赞一下(11人) 回复此楼
如果无法忘记，就不要忘记好了，真正的忘记是不需要努力的。
2楼2008-11-27 09:18:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kohn

木虫 (正式写手)
非常感谢yyy291 虫虫！

我的email是kohnzhang@yahoo.com.cn，希望能进一步向你请教，能留个email么？
赞一下 回复此楼
3楼2008-11-27 10:43:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyy291

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流
%mem=800mb
%chk=trans-cage.chk
#t opt am1 scf=maxcycle=999

Title

0 1
O   -1   7.033600  -3.946100  -2.047400
O   -1  -0.913200  -9.215600  -2.011800
O   -1  -6.186200  -1.274300  -2.055000   
O   -1   1.759900   3.998700  -2.102500   
O   -1   1.350900  -7.728700  -4.740400   
O   -1  -0.913200  -9.215600   2.011800   
O   -1   4.769000  -5.403900   4.778900   
O   -1   3.261400   1.713800  -4.805600   
O   -1   1.759900   3.998700   2.102500   
O   -1   5.531600  -1.635300   4.753900   
O   -1  -4.686600  -3.560600  -4.758000   
O   -1  -0.499800   2.545300   4.726700   
O   -1   1.350900  -7.728700   4.740400   
O   -1   3.261400   1.713800   4.805600   
O   -1   4.769000  -5.403900  -4.778900   
O   -1   5.531600  -1.635300  -4.753900   
O   -1  -2.412100  -6.909300   4.791900   
O   -1  -3.923900   0.207800  -4.787900   
O   -1  -6.186200  -1.274300   2.055000   
O   -1   7.033600  -3.946100   2.047400   
O   -1  -0.499800   2.545300  -4.726700   
O   -1  -3.923900   0.207800   4.787900   
O   -1  -4.686600  -3.560600   4.758000   
O   -1  -2.412100  -6.909300  -4.791900   
O   -1   5.705000  -6.190800  -2.404700   
O   -1  -3.155800  -7.889100  -2.390600   
O   -1  -4.857900   0.965100  -2.446200   
O   -1   4.002200   2.667700  -2.466600   
O   -1   1.669100  -8.865300  -2.387500   
O   -1   1.669100  -8.865300   2.387500   
O   -1   5.705000  -6.190800   2.404700   
O   -1   1.099400   0.717900  -5.931300   
O   -1  -0.818800   3.678500   2.372300   
O   -1   3.781900  -3.235100   5.899300   
O   -1  -5.833900  -3.859500  -2.407700   
O   -1   1.099400   0.717900   5.931300   
O   -1  -0.250100  -5.915400   5.919100   
O   -1   4.002200   2.667700   2.466600   
O   -1   3.781900  -3.235100  -5.899300   
O   -1   6.681800  -1.366000  -2.436500   
O   -1  -3.155800  -7.889100   2.390600   
O   -1  -2.938400  -1.962000  -5.907000   
O   -1  -5.833900  -3.859500   2.407700   
O   -1   6.681800  -1.366000   2.436500   
O   -1  -0.818800   3.678500  -2.372300   
O   -1  -4.857900   0.965100   2.446200   
O   -1  -2.938400  -1.962000   5.907000   
O   -1  -0.250100  -5.915400  -5.919100   
O   -1   6.426300  -5.461500   0.000000   
O   -1  -2.441300  -8.595400   0.000000   
O   -1  -5.576200   0.270500   0.000000   
O   -1   3.290499   3.406000   0.000000   
O   -1   3.577700  -7.370100  -3.392300   
O   -1   0.732900  -9.238000   0.000000   
O   -1   3.577700  -7.370100   3.392300   
O   -1   3.267700  -0.747100  -5.725700   
O   -1   0.116300   4.048000   0.000000   
O   -1   3.267700  -0.747100   5.725700   
O   -1  -4.334100  -5.776300  -3.389800   
O   -1  -1.458400   0.292600   5.681700   
O   -1   2.314600  -5.403800   5.717300   
O   -1   5.182800   0.584900   3.384100   
O   -1   2.314600  -5.403800  -5.717300   
O   -1   5.182800   0.584900  -3.384100   
O   -1  -4.334100  -5.776300   3.389800   
O   -1  -1.458400   0.292600  -5.681700   
O   -1  -6.217900  -2.903600   0.000000   
O   -1   7.068800  -2.287500   0.000000   
O   -1  -2.733900   2.132800  -3.452700   
O   -1  -2.733900   2.132800   3.452700   
O   -1  -2.417800  -4.449600   5.715300   
O   -1  -2.417800  -4.449600  -5.715300   
Si  -1   6.852200  -5.463700  -1.541500   
Si  -1  -2.433800  -9.031200  -1.516200   
Si  -1  -6.004100   0.250400  -1.571000   
Si  -1   3.281200   3.821100  -1.606400   
Si  -1   2.409300  -8.421500  -3.744600   
Si  -1   0.560500  -9.618300   1.591400   
Si  -1   5.001100  -6.656800   3.794900   
Si  -1   2.707900   0.744100  -5.966100   
Si  -1   0.290900   4.448600   1.497500   
Si  -1   4.431300  -1.763100   5.923000   
Si  -1  -5.383700  -4.610900  -3.756600   
Si  -1  -0.362800   1.452700   5.902300   
Si  -1   1.221600  -6.564700   5.955400   
Si  -1   4.514500   2.008100   3.733600   
Si  -1   3.806600  -4.921900  -5.927400   
Si  -1   6.229800  -0.633700  -3.795500   
Si  -1  -3.659200  -7.147500   3.801800   
Si  -1  -2.964500  -0.353800  -5.952800   
Si  -1  -6.605500  -2.718500   1.558800   
Si  -1   7.458000  -2.450200   1.544300   
Si  -1  -1.564900   3.180800  -3.820100   
Si  -1  -4.145500   1.519700   3.745200   
Si  -1  -3.571800  -3.342900   5.942100   
Si  -1  -1.865700  -6.012100  -5.916900   
Si  -1  -6.004100   0.250400   1.571000   
Si  -1   3.281200   3.821100   1.606400   
Si  -1   6.852200  -5.463700   1.541500   
Si  -1  -2.433800  -9.031200   1.516200   
Si  -1  -1.564900   3.180800   3.820100   
Si  -1   0.290900   4.448600  -1.497500   
Si  -1  -4.145500   1.519700  -3.745200   
Si  -1  -1.865700  -6.012100   5.916900   
Si  -1   0.560500  -9.618300  -1.591400   
Si  -1  -3.571800  -3.342900  -5.942100   
Si  -1   6.229800  -0.633700   3.795500   
Si  -1   1.221600  -6.564700  -5.955400   
Si  -1  -0.362800   1.452700  -5.902300   
Si  -1  -3.659200  -7.147500  -3.801800   
Si  -1  -2.964500  -0.353800   5.952800   
Si  -1  -5.383700  -4.610900   3.756600   
Si  -1   4.514500   2.008100  -3.733600   
Si  -1   3.806600  -4.921900   5.927400   
Si  -1   7.458000  -2.450200  -1.544300   
Si  -1  -6.605500  -2.718500  -1.558800   
Si  -1   2.409300  -8.421500   3.744600   
Si  -1   5.001100  -6.656800  -3.794900   
Si  -1   4.431300  -1.763100  -5.923000   
Si  -1   2.707900   0.744100   5.966100   
H   -1   8.087000  -6.166400  -1.703900   
H   -1  -3.135600 -10.267000  -1.675400   
H   -1  -7.239200   0.950700  -1.741800   
H   -1   3.982500   5.054800  -1.782600   
H   -1   2.969800  -9.574300  -4.378700   
H   -1   0.726900 -11.027700   1.766500   
H   -1   5.841800  -7.615900   4.441400   
H   -1   3.147800   1.228800  -7.237500   
H   -1   0.124400   5.860200   1.654100   
H   -1   5.057900  -1.540600   7.189000   
H   -1  -6.533600  -5.176700  -4.391300   
H   -1  -0.576000   2.088400   7.165300   
H   -1   1.436500  -7.183700   7.226400   
H   -1   5.478500   2.853500   4.367200   
H   -1   4.300300  -5.371200  -7.191900   
H   -1   7.378800  -0.077500  -4.439800   
H   -1  -4.622300  -7.984100   4.447800   
H   -1  -3.460300   0.077400  -7.222900   
H   -1  -8.015700  -2.883900   1.728800   
H   -1   8.868600  -2.282900   1.709800   
H   -1  -2.126300   4.325000  -4.468600   
H   -1  -4.985200   2.488000   4.379500   
H   -1  -4.196600  -3.547600   7.211900   
H   -1  -2.307300  -6.513700  -7.181000   
H   -1  -7.239200   0.950700   1.741800   
H   -1   3.982500   5.054800   1.782600   
H   -1   8.087000  -6.166400   1.703900   
H   -1  -3.135600 -10.267000   1.675400   
H   -1  -2.126300   4.325000   4.468600   
H   -1   0.124400   5.860200  -1.654100   
H   -1  -4.985200   2.488000  -4.379500   
H   -1  -2.307300  -6.513700   7.181000   
H   -1   0.726900 -11.027700  -1.766500   
H   -1  -4.196600  -3.547600  -7.211900   
H   -1   7.378800  -0.077500   4.439800   
H   -1   1.436500  -7.183700  -7.226400   
H   -1  -0.576000   2.088400  -7.165300   
H   -1  -4.622300  -7.984100  -4.447800   
H   -1  -3.460300   0.077400   7.222900   
H   -1  -6.533600  -5.176700   4.391300   
H   -1   5.478500   2.853500  -4.367200   
H   -1   4.300300  -5.371200   7.191900   
H   -1   8.868600  -2.282900  -1.709800   
H   -1  -8.015700  -2.883900  -1.728800   
H   -1   2.969800  -9.574300   4.378700   
H   -1   5.841800  -7.615900  -4.441400   
H   -1   5.057900  -1.540600  -7.189000   
H   -1   3.147800   1.228800   7.237500   
C    0   0.000000   0.000000   0.000000   
H    0   1.083600   0.000000   0.000000   
C    0  -0.728500   1.183200   0.000000   
H    0  -0.208000   2.136600   0.000000   
C    0  -2.129000   1.154400   0.000000   
C    0  -2.802200  -0.068000   0.000000   
C    0  -2.077700  -1.258500   0.000000   
H    0  -2.572200  -2.224600   0.000000   
C    0  -0.677000  -1.231700   0.000000   
N    0  -0.045400  -2.501900   0.000000   
N    0   1.214700  -2.465700   0.000000   
C    0   1.846300  -3.735900   0.000000   
C    0   1.169100  -4.967800   0.000000   
H    0   0.085400  -4.967600   0.000000   
C    0   1.897400  -6.151200   0.000000   
H    0   1.376800  -7.104400   0.000000   
C    0   3.297800  -6.122600   0.000000   
C    0   3.971300  -4.900100   0.000000   
C    0   3.247100  -3.709600   0.000000   
H    0   3.741600  -2.743500   0.000000   
H    0  -3.887700  -0.093500   0.000000   
H    0   5.056700  -4.875000   0.000000   
H    0  -2.690100   2.084200   0.000000   
H    0   3.858900  -7.052500   0.000000   


谢谢给金币了，呵呵，这是我跟别人要的，也还在试着算
赞一下(10人) 回复此楼
如果无法忘记，就不要忘记好了，真正的忘记是不需要努力的。
5楼2008-11-28 08:32:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭