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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » autodock对接精确性问题
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ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] autodock对接精确性问题

进行体外酶分子水平筛选，某系列化合物，母核结构一致，仅取代基不一样，如羟基或甲氧基，激动活性差数倍，老板想使用autodock做对接分析下，结果却是两种化合物对接位置基本一致，能量也差不多，这种结果是说明autodock不适合用于这种化合物结构极类似而活性不同的分析，还是我对接存在问题？谢谢啊
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1楼 2016-10-15 14:32:21
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autodockytu

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ULYSSEESWB: 金币+5 2016-10-22 14:03:57
简单的构效关系分析，autodock分析对他们的对接结果只能参考借鉴，就不要指望指导了
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3楼2016-10-21 16:24:07
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changjun

铜虫 (著名写手)
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ULYSSEESWB: 金币+5 2016-10-22 14:04:21
你选的受体合适不？

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天然产物、药物开发
4楼2016-10-21 20:00:00
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changjun

铜虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ULYSSEESWB: 金币+5 2016-12-20 10:31:51
引用回帖:
9楼: Originally posted by ULYSSEESWB at 2016-10-24 09:02:05
是在体外酶水平筛选出的活性化合物...

同一名称的酶在PDB数据库里会有好多种，选择合适的酶很重要。另外，对接时的参数设置也会重要。

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天然产物、药物开发
10楼2016-10-24 12:22:35
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普通回帖

ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)
求高人指点啊
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2楼2016-10-18 09:52:32
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ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by changjun at 2016-10-21 20:00:00
你选的受体合适不？

选了3个pdb文件，结果都差不多
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5楼2016-10-22 14:00:01
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ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by autodockytu at 2016-10-21 16:24:07
简单的构效关系分析，autodock分析对他们的对接结果只能参考借鉴，就不要指望指导了

请问有做类似分析的方法或软件么？化学结构类似，活性差异大，从对接方面解释某基团影响了与蛋白的相互作用
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6楼2016-10-22 14:08:25
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changjun

铜虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ULYSSEESWB: 金币+5 2016-10-24 09:02:41
引用回帖:
6楼: Originally posted by ULYSSEESWB at 2016-10-22 14:08:25
请问有做类似分析的方法或软件么？化学结构类似，活性差异大，从对接方面解释某基团影响了与蛋白的相互作用...

DS里有基于受体的3D QSAR分析，我觉得正适合你这方面的分析，可以看看是否适合你的需要。
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天然产物、药物开发
7楼2016-10-22 16:22:02
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changjun

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ULYSSEESWB at 2016-10-22 14:00:01
选了3个pdb文件，结果都差不多...

不是多少个PDB文件的事，如果你的配体不作用于你的受体的话，再多的PDB也没有用。
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天然产物、药物开发
8楼2016-10-22 16:23:52
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ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by changjun at 2016-10-22 16:23:52
不是多少个PDB文件的事，如果你的配体不作用于你的受体的话，再多的PDB也没有用。...

是在体外酶水平筛选出的活性化合物
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9楼2016-10-24 09:02:05
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