应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » autodock对接精确性问题
121/2返回列表12下一页
查看: 1502  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] autodock对接精确性问题

进行体外酶分子水平筛选，某系列化合物，母核结构一致，仅取代基不一样，如羟基或甲氧基，激动活性差数倍，老板想使用autodock做对接分析下，结果却是两种化合物对接位置基本一致，能量也差不多，这种结果是说明autodock不适合用于这种化合物结构极类似而活性不同的分析，还是我对接存在问题？谢谢啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2016-10-15 14:32:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ULYSSEESWB: 金币+5 2016-10-22 14:03:57
简单的构效关系分析，autodock分析对他们的对接结果只能参考借鉴，就不要指望指导了
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2016-10-21 16:24:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

changjun

铜虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ULYSSEESWB: 金币+5 2016-10-22 14:04:21
你选的受体合适不？

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
天然产物、药物开发
4楼2016-10-21 20:00:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

changjun

铜虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ULYSSEESWB: 金币+5 2016-12-20 10:31:51
引用回帖:
9楼: Originally posted by ULYSSEESWB at 2016-10-24 09:02:05
是在体外酶水平筛选出的活性化合物...

同一名称的酶在PDB数据库里会有好多种，选择合适的酶很重要。另外，对接时的参数设置也会重要。

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
天然产物、药物开发
10楼2016-10-24 12:22:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)
求高人指点啊
回复此楼
2楼2016-10-18 09:52:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by changjun at 2016-10-21 20:00:00
你选的受体合适不？

选了3个pdb文件，结果都差不多
赞一下 回复此楼
5楼2016-10-22 14:00:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by autodockytu at 2016-10-21 16:24:07
简单的构效关系分析，autodock分析对他们的对接结果只能参考借鉴，就不要指望指导了

请问有做类似分析的方法或软件么？化学结构类似，活性差异大，从对接方面解释某基团影响了与蛋白的相互作用
赞一下 回复此楼
6楼2016-10-22 14:08:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

changjun

铜虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ULYSSEESWB: 金币+5 2016-10-24 09:02:41
引用回帖:
6楼: Originally posted by ULYSSEESWB at 2016-10-22 14:08:25
请问有做类似分析的方法或软件么？化学结构类似，活性差异大，从对接方面解释某基团影响了与蛋白的相互作用...

DS里有基于受体的3D QSAR分析，我觉得正适合你这方面的分析，可以看看是否适合你的需要。
赞一下 回复此楼
天然产物、药物开发
7楼2016-10-22 16:22:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

changjun

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ULYSSEESWB at 2016-10-22 14:00:01
选了3个pdb文件，结果都差不多...

不是多少个PDB文件的事，如果你的配体不作用于你的受体的话，再多的PDB也没有用。
赞一下 回复此楼
天然产物、药物开发
8楼2016-10-22 16:23:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ULYSSEESWB

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by changjun at 2016-10-22 16:23:52
不是多少个PDB文件的事，如果你的配体不作用于你的受体的话，再多的PDB也没有用。...

是在体外酶水平筛选出的活性化合物
赞一下 回复此楼
9楼2016-10-24 09:02:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ULYSSEESWB 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖？ +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +5 炎黄贵胄 2026-08-22 6/300 2026-08-24 06:34 by sincosx
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭