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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于rt-qpcr的数据处理求助
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Flieish

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于rt-qpcr的数据处理求助 已有1人参与

被老师分配的是肿瘤组织里提取的cDNA和正常人组织里提取的cDNA表达量差异
用的是SYBR Ⅱ，每次3个复孔，每个样本三次重复。现有12个正常人样本，11个肿瘤组织样本。
使用2-ΔΔCt的方法进行分析。
想问的问题是：1.ΔΔCt=ΔCt（患者）-ΔCt（正常人对照）中，ΔCt（正常人对照）是什么？是把所有正常人样本的ΔCt（正常人对照）分别计算，再进行平均么？
                        2.不同正常人样本的ΔCt的差异比较大，是因为个体差异么？对于差异特别大的，应不应该进行取舍？如果需要，差异大到什么程度需要取舍呢？
                        3.有两个肿瘤组织样本的所有基因，不论查到的资料里说是上调还是下调，用同样方法计算出的2-ΔΔCt值远小于1，而其他样本的结果基本都符合查到的资料。但奇怪的是它们的曲线看起来都很正常。这个应该怎么解释呢？
英文阅读能力不太强又被老师赶着逼着学会数据处理。。感觉好崩溃=皿=万能的虫友们求帮忙。平时只看帖不怎么签到回帖的只有这么多金币，求不嫌弃
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1楼 2016-10-13 19:44:21
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bio转录组

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kuaile5420: 金币+3, 欢迎发帖交流 2016-10-14 00:01:18
1、正常人的对照就是所谓的内参，做rtPCR必须有内参，因为这个是相对定量。一般也是3个重复之间的平均。
2、一般选用内参的需要很稳定的基因，差别太多，参考价值不大，有可能是你点样的问题，或者其他
3、这个差距很正常，1000个人做就会有1000中结果。
最后提示 多看看硕博毕业论文，比文章有用。数据处理必须学，这个很重要也很实用
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生活活生生累死
2楼2016-10-13 21:30:53
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Flieish

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bio转录组 at 2016-10-13 21:30:53
1、正常人的对照就是所谓的内参，做rtPCR必须有内参，因为这个是相对定量。一般也是3个重复之间的平均。
2、一般选用内参的需要很稳定的基因，差别太多，参考价值不大，有可能是你点样的问题，或者其他
3、这个差 ...

抱歉可能是我没说清楚。。内参的Ct值很稳定，每个样本的ΔCt值也差的不大。但是不同正常人样本的ΔCt差的很大，这个该怎么处理呢？
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3楼2016-10-14 00:21:31
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lq846522974

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Flieish at 2016-10-14 00:21:31
抱歉可能是我没说清楚。。内参的Ct值很稳定，每个样本的ΔCt值也差的不大。但是不同正常人样本的ΔCt差的很大，这个该怎么处理呢？...

你好，我现在也遇到类似的问题了，请问您后来弄明白了吗？

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4楼2018-01-11 06:42:08
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