24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 4993  |  回复: 3

Flieish

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于rt-qpcr的数据处理求助已有1人参与

被老师分配的是肿瘤组织里提取的cDNA和正常人组织里提取的cDNA表达量差异
用的是SYBR Ⅱ,每次3个复孔,每个样本三次重复。现有12个正常人样本,11个肿瘤组织样本。
使用2-ΔΔCt的方法进行分析。
想问的问题是:1.ΔΔCt=ΔCt(患者)-ΔCt(正常人对照)中,ΔCt(正常人对照)是什么?是把所有正常人样本的ΔCt(正常人对照)分别计算,再进行平均么?
                        2.不同正常人样本的ΔCt的差异比较大,是因为个体差异么?对于差异特别大的,应不应该进行取舍?如果需要,差异大到什么程度需要取舍呢?
                        3.有两个肿瘤组织样本的所有基因,不论查到的资料里说是上调还是下调,用同样方法计算出的2-ΔΔCt值远小于1,而其他样本的结果基本都符合查到的资料。但奇怪的是它们的曲线看起来都很正常。这个应该怎么解释呢?
英文阅读能力不太强又被老师赶着逼着学会数据处理。。感觉好崩溃=皿=万能的虫友们求帮忙。平时只看帖不怎么签到回帖的只有这么多金币,求不嫌弃
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bio转录组

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kuaile5420: 金币+3, 欢迎发帖交流 2016-10-14 00:01:18
1、正常人的对照就是所谓的内参,做rtPCR必须有内参,因为这个是相对定量。一般也是3个重复之间的平均。
2、一般选用内参的需要很稳定的基因,差别太多,参考价值不大,有可能是你点样的问题,或者其他
3、这个差距很正常,1000个人做就会有1000中结果。
最后提示 多看看硕博毕业论文,比文章有用。数据处理必须学,这个很重要也很实用
生活活生生累死
2楼2016-10-13 21:30:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Flieish

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by bio转录组 at 2016-10-13 21:30:53
1、正常人的对照就是所谓的内参,做rtPCR必须有内参,因为这个是相对定量。一般也是3个重复之间的平均。
2、一般选用内参的需要很稳定的基因,差别太多,参考价值不大,有可能是你点样的问题,或者其他
3、这个差 ...

抱歉可能是我没说清楚。。内参的Ct值很稳定,每个样本的ΔCt值也差的不大。但是不同正常人样本的ΔCt差的很大,这个该怎么处理呢?
3楼2016-10-14 00:21:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lq846522974

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Flieish at 2016-10-14 00:21:31
抱歉可能是我没说清楚。。内参的Ct值很稳定,每个样本的ΔCt值也差的不大。但是不同正常人样本的ΔCt差的很大,这个该怎么处理呢?...

你好,我现在也遇到类似的问题了,请问您后来弄明白了吗?

发自小木虫Android客户端
4楼2018-01-11 06:42:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Flieish 的主题更新
信息提示
请填处理意见