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小毛孩24

专家顾问 (职业作家)

[求助] LEfSe分析求助

高通量测序测定菌群结构，想做一下LEfSe，知道是在http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy这个网站做，想请教一下有经验的高手。
做LEfSe需要准备什么样的文件，如何准备，有什么要注意的？（目前我还只会用QIIME生成OTU表，做α和β分析）做网站上的范例文件完全不知道怎么得来的。
有些论坛和博客里说.biom文件也可以作为LEfSe的原始数据，如何实现用biom做LEfSe？
谢谢大侠们！
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1楼 2016-10-11 09:47:00
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任二宝

新虫 (初入文坛)
楼区请问你做出来没，我也刚接触，想要请教怎么做。。。
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2楼2017-03-31 09:53:08
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refinedfan

金虫 (小有名气)
我之前用过，但是最近使用感觉上传数据总是不成功，不知道是不是不能用了，楼主成功使用了吗？
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3楼2018-01-24 09:16:40
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萌妞酸酸乳

新虫 (初入文坛)
求助楼主做lefse图的格式，自己做总是失败

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4楼2018-07-13 16:48:04
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wwwssf

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 萌妞酸酸乳 at 2018-07-13 16:48:04
求助楼主做lefse图的格式，自己做总是失败

可以基于Windows系统下本地分析。需要的话，可以联系我，企鹅号565715597

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5楼2018-09-14 20:27:36
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