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小毛孩24

专家顾问 (职业作家)

[求助] LEfSe分析求助

高通量测序测定菌群结构,想做一下LEfSe,知道是在http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy这个网站做,想请教一下有经验的高手。
做LEfSe需要准备什么样的文件,如何准备,有什么要注意的?(目前我还只会用QIIME生成OTU表,做α和β分析)做网站上的范例文件完全不知道怎么得来的。
有些论坛和博客里说.biom文件也可以作为LEfSe的原始数据,如何实现用biom做LEfSe?
谢谢大侠们!
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任二宝

新虫 (初入文坛)

楼区请问你做出来没,我也刚接触,想要请教怎么做。。。
2楼2017-03-31 09:53:08
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refinedfan

金虫 (小有名气)

我之前用过,但是最近使用感觉上传数据总是不成功,不知道是不是不能用了,楼主成功使用了吗?
3楼2018-01-24 09:16:40
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萌妞酸酸乳

新虫 (初入文坛)

求助楼主做lefse图的格式,自己做总是失败

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4楼2018-07-13 16:48:04
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wwwssf

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 萌妞酸酸乳 at 2018-07-13 16:48:04
求助楼主做lefse图的格式,自己做总是失败

可以基于Windows系统下本地分析。需要的话,可以联系我,企鹅号565715597

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5楼2018-09-14 20:27:36
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