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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)

[求助] 差异基因GO富集分析无显著的富集项

在做转录组差异基因GO富集分析的时候，在校正后的P-Value<0.05阈值下无显著的富集项目，请问这样的结果正常么？对后续分析有什么影响啊？有没有类似的情况发生啊，貌似目前我自己还没有看到过类似的文章。请各位大神指教指教啊。
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1楼 2016-10-10 09:19:39
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请问是什么物种？模式生物吗？

差异基因的个数是多少？ 如果太少，有可能得不到显著富集的结果的。

还有就是，使用什么工具做的GO富集分析，正确吗？
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
2楼2016-10-11 09:33:18
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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2016-10-11 09:33:18
请问是什么物种？模式生物吗？

差异基因的个数是多少？ 如果太少，有可能得不到显著富集的结果的。

还有就是，使用什么工具做的GO富集分析，正确吗？

我的材料是木荷，一种木本植物，做的无参转录组，差异基因数量的话，算中等吧，富集是公司帮忙做的，p值为1，没有显著富集

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-10-11 23:30:48
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
憨憨可爱多: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-10-13 14:39:50
憨憨可爱多: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-10-14 09:40:16
引用回帖:
3楼: Originally posted by 憨憨可爱多 at 2016-10-11 23:30:48
我的材料是木荷，一种木本植物，做的无参转录组，差异基因数量的话，算中等吧，富集是公司帮忙做的，p值为1，没有显著富集
...

没有显著富集，那就是没有统计学意义，不建议使用。
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4楼2016-10-13 14:36:24
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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2016-10-13 14:36:24
没有显著富集，那就是没有统计学意义，不建议使用。...

那请问下这样是否会对整个转录组结果造成影响？那可能是什么原因造成的呢？处理的材料本身差异较小还是什么原因。
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5楼2016-10-13 14:41:04
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠
引用回帖:
5楼: Originally posted by 憨憨可爱多 at 2016-10-13 14:41:04
那请问下这样是否会对整个转录组结果造成影响？那可能是什么原因造成的呢？处理的材料本身差异较小还是什么原因。...

一般情况下，差异基因数量足够多的话，肯定会有显著富集的GO功能的。不知道你的差异基因数量是几个？
如果差异基因数量较少的话，可能导致分析结果很难找到有意义的结果结论，不利于文章的发表。
原因可能有很多呀！例如样本问题，测序质量，分析过程出错等等，具体我也不知道。

建议：如果分析没问题，那么就修改差异基因的阈值，扩大差异基因的数量，这样再做GO富集分析，肯定会有显著富集结果了。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

憨憨可爱多
你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
6楼2016-10-14 08:53:39
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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by xingzhou823 at 2016-10-14 08:53:39
一般情况下，差异基因数量足够多的话，肯定会有显著富集的GO功能的。不知道你的差异基因数量是几个？
如果差异基因数量较少的话，可能导致分析结果很难找到有意义的结果结论，不利于文章的发表。
原因可能有很多 ...

非常感谢您！我的差异基因只有500多个（padj<0.05）。我比较关注的是差异基因的生物学功能，但是功能注释不只有GO富集分析，在不改变差异基因阈值的前提下（因为如果修改了差异基因阈值，差异基因增多了，但是多的这些基因是否是我需要的就要打个问号了啊），根据其他基因功能注释的来预测分析这些差异基因的功能是否也是准确可靠的呢？最后请教个文章写作方面的就是在后续文章写作中（基于不改变差异基因阈值前提），我是否可以少写或者不写GO富集分析结果呢，因为没有统计学意义，而是尽可能详细的分析这些差异基因在自交不亲和（我做的自交/异交处理）过程中所起的生物学作用呢？
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7楼2016-10-14 09:39:33
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偶尔--apple

铁虫 (初入文坛)
你好，我遇到了类似的情况，请问你的数据后面怎么处理了，谢谢~
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8楼2016-11-30 12:19:02
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tity222

新虫 (初入文坛)
只能P<0.05才能用吗？富集不显著就不能用了？
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9楼2016-12-29 21:39:43
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