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myworldj

新虫 (小有名气)

[求助] 急求gaussian输入文件内坐标写法,60金币大奖

如图所示,当我用gaussianview构建分子并保存为内坐标形式时软件会自动定义变量,但是为了对某个键长(例如在这里是C1和C4)进行刚性扫描,需要定义的变量里有这个C1和C4的长度变量,但显然自动保存的内坐标中没有这个变量,自问如何操作用另一套内坐标表示分子,使其包括C1和C4长度的变量。尽管手动写入可以,但对于我要构建的大分子手动写入实在太麻烦,请提供一个自动转变的方法,谢谢
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极乐禅宗

新虫 (正式写手)

要扫描的健长没有必要非得出现在内坐标中,直接指定就好了

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2楼2016-09-28 11:54:20
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myworldj

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 极乐禅宗 at 2016-09-28 11:54:20
要扫描的健长没有必要非得出现在内坐标中,直接指定就好了

柔性扫描可以不用制指定,这个我知道,但做刚性扫描不行啊,要扫描的参数必须出现在坐标定义中
3楼2016-09-29 11:46:33
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极乐禅宗

新虫 (正式写手)

试试这样行不行,第四行改成:  c  1  b  2  a  3  d

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4楼2016-09-29 12:27:31
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极乐禅宗

新虫 (正式写手)

b,  a,  d  分别是健长,健角和二面角

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5楼2016-09-29 12:28:37
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feng_zi_kai

银虫 (初入文坛)

打开atom list ,可以更改原子的序号改变原子的构建顺序,保存分子时不勾选笛卡尔坐标就可以了

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-09-29 14:21:40
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myworldj

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 极乐禅宗 at 2016-09-29 12:28:37
b,  a,  d  分别是健长,健角和二面角

问题是如果自己添加变量就可能造成扫描变量与其他变量相关,这样就不是刚性扫描了啊

发自小木虫Android客户端
7楼2016-09-29 20:07:21
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myworldj

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by feng_zi_kai at 2016-09-29 14:21:40
打开atom list ,可以更改原子的序号改变原子的构建顺序,保存分子时不勾选笛卡尔坐标就可以了

不行啊,序号改了后,定义的变量也还是原来的

发自小木虫Android客户端
8楼2016-09-29 20:11:15
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