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tina张新虫 (小有名气)
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lammps读data文件求助！ 已有1人参与
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求助： 在lammps上用read_data命令，读入多个文件时，出现以下错误： Error :Expected floating point parameter in input or data file . . /read_data.cpp 164 |
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2楼2016-09-25 17:24:22
tina张
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十分感谢！！！我还有一个问题，就是多次读入data文件，atom_ID设置在哪里比较合适，我如果用add offset的命令后，老出现非法定义的错误，我如果要读入data文件是另一个元素，应该在第一个read_data命令，加上keyword extra/atom/types 9(总共九个元素) 这个data文件设置的对么 LAMMPS data file from restart file: timestep=10000,procs=1 16679 atoms 1 atom types -10e-01 32.517e+01 xlo xhi -7e-01 14.85e+01 ylo yhi -10-10e-01 20.244e+01 zlo zhi Masses 1 15.999400 # o* 2 1.007970 # h* 3 63.546 # Cu 4 63.546 # Cu 5 63.546 # Cu 6 63.546 # Cu 7 63.546 # Cu 8 63.546 # Cu 9 12 # C Atoms 1 9 3.56 14.24 24.92 0 0 0 2 9 3.56 14.24 28.48 0 0 0 3 9 3.56 14.24 32.04 0 0 0 4 9 3.56 14.24 35.6 0 0 0 |
5楼2016-09-26 15:42:31
tina张
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送红花一朵 |
你看，这是一部分data文件，但是要读入一个data文件的话，data文件并没有任何问题啊 LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30） 16679 atoms 9 atom types 1 bond types 1 angle types Masses 1 15.999400 # o* 2 1.007970 # h* 3 63.546 # Cu 4 63.546 # Cu 5 63.546 # Cu 6 63.546 # Cu 7 63.546 # Cu 8 63.546 # Cu 9 12 # C ATOMS 1 7 3.56 14.24 24.92 0 0 0 2 7 3.56 14.24 28.48 0 0 0 3 7 3.56 14.24 32.04 0 0 0 4 7 3.56 14.24 35.6 0 0 0 5 7 3.56 17.8 21.36 0 0 0 6 7 3.56 17.8 24.92 0 0 0 7 7 3.56 17.8 28.48 0 0 0 8 7 3.56 17.8 32.04 0 0 0 9 7 3.56 17.8 35.6 0 0 0 10 7 3.56 17.8 39.16 0 0 0 11 7 3.56 21.36 17.8 0 0 0 12 7 3.56 21.36 21.36 0 0 0 13 7 3.56 21.36 24.92 0 0 0 14 7 3.56 21.36 28.48 0 0 0 15 7 3.56 21.36 32.04 0 0 0 16 7 3.56 21.36 35.6 0 0 0 17 7 3.56 21.36 39.16 0 0 0 18 7 3.56 21.36 42.72 0 0 0 19 7 3.56 24.92 17.8 0 0 0 20 7 3.56 24.92 21.36 0 0 0 21 7 3.56 24.92 24.92 0 0 0 22 7 3.56 24.92 28.48 0 0 0 23 7 3.56 24.92 32.04 0 0 0 24 7 3.56 24.92 35.6 0 0 0 25 7 3.56 24.92 39.16 0 0 0 26 7 3.56 24.92 42.72 0 0 0 27 7 3.56 28.48 17.8 0 0 0 28 7 3.56 28.48 21.36 0 0 0 29 7 3.56 28.48 24.92 0 0 0 30 7 3.56 28.48 28.48 0 0 0 31 7 3.56 28.48 32.04 0 0 0 32 7 3.56 28.48 35.6 0 0 0 |
3楼2016-09-26 09:03:15
【答案】应助回帖
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tina张: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！！！ 2016-09-26 15:43:37
tina张: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！！！ 2016-09-26 15:43:37
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貌似是data文件里少了盒子边界的定义，我加上 -1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi -1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi -2.5465666718138280e-01 6.2554656666639701e+01 zlo zhi 以后是可以读的，另外你的read_data格式写对了吗？ |
4楼2016-09-26 09:47:44
6楼2016-09-26 19:37:30
tina张
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那为什么我用你的命令怎么还说我非法定义 variable sphere string data.dat variable waterbe string water1.data variable waterup string water2.data read_data ${waterbe} read_data water1.data Reading data file ... orthogonal box = (-1 -1 -1) to (325.17 148.5 202.44) 4 by 4 by 1 MPI processor grid reading atoms ... 37200 atoms scanning bonds ... 2 = max bonds/atom scanning angles ... 1 = max angles/atom reading bonds ... 24800 bonds reading angles ... 12400 angles Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... 2 = max # of 1-2 neighbors 1 = max # of 1-3 neighbors 1 = max # of 1-4 neighbors 2 = max # of special neighbors read_data ${waterup} add 0 read_data water2.data add 0 ERROR: Illegal read_data command (../read_data.cpp:164) 这是第一个data文件 LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for Sketch 37200 atoms 24800 bonds 12400 angles 0 dihedrals 0 impropers 9 atom types 1 bond types 1 angle types -10e-01 32.517e+01 xlo xhi -10e-01 14.85e+01 ylo yhi -10e-01 20.244e+01 zlo zhi Masses 1 15.999400 # o* 2 1.007970 # h* 3 63.546 # Cu 4 63.546 # Cu 5 63.546 # Cu 6 63.546 # Cu 7 63.546 # Cu 8 63.546 # Cu 9 12 # C Bond Coeffs # harmonic 1 540.6336 0.9600 # o*-h* Angle Coeffs # harmonic 1 50.0000 104.5000 # h*-o*-h* Atoms # full 1 1 1 -0.820000 8.018998451 2.540890217 0.955299609 0 0 0 # o* 2 1 2 0.410000 8.609850421 3.119996727 0.452578854 0 0 0 # h* 3 1 2 0.410000 7.374236306 2.239286862 0.299946918 0 0 0 # h* 4 1 1 -0.820000 39.118998451 2.540890217 0.955299609 0 0 0 # o* 5 1 2 0.410000 39.709850421 3.119996727 0.452578854 0 0 0 # h* 这是第二个data文件 LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for Sketch 37200 atoms 24800 bonds 12400 angles 0 dihedrals 0 impropers 9 atom types 1 bond types 1 angle types -10e-01 3.25E+02 xlo xhi -1.00E+00 1.49E+02 ylo yhi -1.00E+00 2.02E+02 zlo zhi Masses 1 15.9994 # o* 2 1.00797 # h* 3 63.546 # Cu 4 63.546 # Cu 5 63.546 # Cu 6 63.546 # Cu 7 63.546 # Cu 8 63.546 # Cu 9 12 # C Bond Coeffs # harmonic 1 540.6336 0.96 # o*-h* Angle Coeffs # harmonic 1 50 104.5 # h*-o*-h* Atoms # full # # # # # # # 37201 1 1 -0.82 8.018998451 2.540890217 0.955299609 0 0 0 # o* 37202 1 2 0.41 8.609850421 3.119996727 0.452578854 0 0 0 # h* 37203 1 2 0.41 7.374236306 2.239286862 0.299946918 0 0 0 # h* 37204 1 1 -0.82 39.11899845 2.540890217 0.955299609 0 0 0 # o* 37205 1 2 0.41 39.70985042 3.119996727 0.452578854 0 0 0 # h* |
7楼2016-09-26 21:15:12
8楼2016-09-26 21:40:03
tina张
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9楼2016-09-27 10:51:22
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10楼2016-10-20 11:06:30
