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tina张

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[求助] lammps读data文件求助！已有1人参与

求助：
在lammps上用read_data命令，读入多个文件时，出现以下错误：
Error :Expected floating point parameter in input or data file . . /read_data.cpp 164

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不忘初心

1楼 2016-09-24 23:03:52

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lx_PICO

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

data文件的格式不对，在应该出现浮点数的地方不知道出现了啥，发上来看看

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tina张

2楼2016-09-25 17:24:22

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tina张

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4楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 09:47:44
貌似是data文件里少了盒子边界的定义，我加上

-1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi
-1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi
-2.5465666718138280e-01 6.25546566666397 ...

十分感谢！！！我还有一个问题，就是多次读入data文件，atom_ID设置在哪里比较合适，我如果用add  offset的命令后，老出现非法定义的错误，我如果要读入data文件是另一个元素，应该在第一个read_data命令，加上keyword extra/atom/types  9(总共九个元素)
这个data文件设置的对么

LAMMPS data file from restart file: timestep=10000,procs=1

16679 atoms

1 atom types

-10e-01  32.517e+01  xlo xhi
-7e-01  14.85e+01 ylo yhi
-10-10e-01  20.244e+01 zlo zhi

Masses

1  15.999400 # o*
2 1.007970 # h*
3 63.546  # Cu
4 63.546  # Cu
5 63.546  # Cu
6 63.546  # Cu
7 63.546  # Cu
8 63.546  # Cu
9 12  # C

Atoms

1 9 3.56 14.24 24.92 0 0 0
2 9 3.56 14.24 28.48 0 0 0
3 9 3.56 14.24 32.04 0 0 0
4 9 3.56 14.24 35.6 0 0 0

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不忘初心

5楼2016-09-26 15:42:31

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tina张

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引用回帖:

2楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-25 17:24:22
data文件的格式不对，在应该出现浮点数的地方不知道出现了啥，发上来看看

你看，这是一部分data文件，但是要读入一个data文件的话，data文件并没有任何问题啊
LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30）

16679 atoms

9 atom types
1 bond types
1 angle types

Masses

1  15.999400 # o*
2 1.007970 # h*
3 63.546  # Cu
4 63.546  # Cu
5 63.546  # Cu
6 63.546  # Cu
7 63.546  # Cu
8 63.546  # Cu
9 12  # C

ATOMS

1 7 3.56 14.24 24.92 0 0 0
2 7 3.56 14.24 28.48 0 0 0
3 7 3.56 14.24 32.04 0 0 0
4 7 3.56 14.24 35.6 0 0 0
5 7 3.56 17.8 21.36 0 0 0
6 7 3.56 17.8 24.92 0 0 0
7 7 3.56 17.8 28.48 0 0 0
8 7 3.56 17.8 32.04 0 0 0
9 7 3.56 17.8 35.6 0 0 0
10 7 3.56 17.8 39.16 0 0 0
11 7 3.56 21.36 17.8 0 0 0
12 7 3.56 21.36 21.36 0 0 0
13 7 3.56 21.36 24.92 0 0 0
14 7 3.56 21.36 28.48 0 0 0
15 7 3.56 21.36 32.04 0 0 0
16 7 3.56 21.36 35.6 0 0 0
17 7 3.56 21.36 39.16 0 0 0
18 7 3.56 21.36 42.72 0 0 0
19 7 3.56 24.92 17.8 0 0 0
20 7 3.56 24.92 21.36 0 0 0
21 7 3.56 24.92 24.92 0 0 0
22 7 3.56 24.92 28.48 0 0 0
23 7 3.56 24.92 32.04 0 0 0
24 7 3.56 24.92 35.6 0 0 0
25 7 3.56 24.92 39.16 0 0 0
26 7 3.56 24.92 42.72 0 0 0
27 7 3.56 28.48 17.8 0 0 0
28 7 3.56 28.48 21.36 0 0 0
29 7 3.56 28.48 24.92 0 0 0
30 7 3.56 28.48 28.48 0 0 0
31 7 3.56 28.48 32.04 0 0 0
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3楼2016-09-26 09:03:15

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tina张: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！！！ 2016-09-26 15:43:37

引用回帖:

3楼: Originally posted by tina张 at 2016-09-26 09:03:15
你看，这是一部分data文件，但是要读入一个data文件的话，data文件并没有任何问题啊
LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30）

16679 atoms

9 atom types
1 bond ty ...

貌似是data文件里少了盒子边界的定义，我加上

-1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi
-1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi
-2.5465666718138280e-01 6.2554656666639701e+01 zlo zhi

以后是可以读的，另外你的read_data格式写对了吗？

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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
附件 1 : in.read

2016-09-26 09:46:33, 601 bytes

附件 2 : try1.dat

2016-09-26 09:46:33, 596 bytes

附件 3 : try2.dat

2016-09-26 09:46:33, 590 bytes

4楼2016-09-26 09:47:44

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5楼: Originally posted by tina张 at 2016-09-26 15:42:31
十分感谢！！！我还有一个问题，就是多次读入data文件，atom_ID设置在哪里比较合适，我如果用add offset的命令后，老出现非法定义的错误，我如果要读入data文件是另一个元素，应该在第一个read_data命令，加上key ...

这是定义的问题，仔细看手册再慢慢试吧。

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6楼2016-09-26 19:37:30

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6楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 19:37:30
这是定义的问题，仔细看手册再慢慢试吧。...

那为什么我用你的命令怎么还说我非法定义
variable                   sphere string data.dat
variable                   waterbe string  water1.data
variable                   waterup string  water2.data
read_data                ${waterbe}
read_data                water1.data
Reading data file ...
  orthogonal box = (-1 -1 -1) to (325.17 148.5 202.44)
  4 by 4 by 1 MPI processor grid
  reading atoms ...
  37200 atoms
  scanning bonds ...
  2 = max bonds/atom
  scanning angles ...
  1 = max angles/atom
  reading bonds ...
  24800 bonds
  reading angles ...
  12400 angles
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
  2 = max # of 1-2 neighbors
  1 = max # of 1-3 neighbors
  1 = max # of 1-4 neighbors
  2 = max # of special neighbors
read_data                   ${waterup} add    0
read_data                   water2.data add    0
ERROR: Illegal read_data command (../read_data.cpp:164)
这是第一个data文件
LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for Sketch

  37200 atoms
  24800 bonds
  12400 angles
   0 dihedrals
   0 impropers

9 atom types
1 bond types
1 angle types


-10e-01  32.517e+01  xlo xhi
-10e-01  14.85e+01 ylo yhi
-10e-01  20.244e+01 zlo zhi
Masses

1  15.999400 # o*
2 1.007970 # h*
3 63.546  # Cu
4 63.546  # Cu
5 63.546  # Cu
6 63.546  # Cu
7 63.546  # Cu
8 63.546  # Cu
9 12  # C

Bond Coeffs # harmonic

1 540.6336    0.9600 # o*-h*

Angle Coeffs # harmonic

1 50.0000 104.5000 # h*-o*-h*

Atoms # full

   1    1 1 -0.820000    8.018998451    2.540890217    0.955299609 0 0 0 # o*
   2    1 2  0.410000    8.609850421    3.119996727    0.452578854 0 0 0 # h*
   3    1 2  0.410000    7.374236306    2.239286862    0.299946918 0 0 0 # h*
   4    1 1 -0.820000 39.118998451    2.540890217    0.955299609 0 0 0 # o*
   5    1 2  0.410000 39.709850421    3.119996727    0.452578854 0 0 0 # h*
这是第二个data文件

LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for Sketch

37200 atoms
24800 bonds
12400 angles
0 dihedrals
0 impropers

9 atom types
1 bond types
1 angle types

-10e-01 3.25E+02 xlo xhi
-1.00E+00 1.49E+02 ylo yhi
-1.00E+00 2.02E+02 zlo zhi
Masses

1 15.9994 # o*
2 1.00797 # h*
3 63.546 # Cu
4 63.546 # Cu
5 63.546 # Cu
6 63.546 # Cu
7 63.546 # Cu
8 63.546 # Cu
9 12 # C

Bond Coeffs # harmonic

1 540.6336 0.96 # o*-h*

Angle Coeffs # harmonic

1 50 104.5 # h*-o*-h*

Atoms # full # # # # # # #

37201 1 1 -0.82 8.018998451 2.540890217 0.955299609 0 0 0 # o*
37202 1 2 0.41 8.609850421 3.119996727 0.452578854 0 0 0 # h*
37203 1 2 0.41 7.374236306 2.239286862 0.299946918 0 0 0 # h*
37204 1 1 -0.82 39.11899845 2.540890217 0.955299609 0 0 0 # o*
37205 1 2 0.41 39.70985042 3.119996727 0.452578854 0 0 0 # h*

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不忘初心

7楼2016-09-26 21:15:12

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7楼: Originally posted by tina张 at 2016-09-26 21:15:12
那为什么我用你的命令怎么还说我非法定义
variable                   sphere string data.dat
variable                   waterbe string  water1.data
variable                   waterup string  w ...

我那个是为了找错的简化版啊，要针对你自己的输入文件改的。你用我给的try1.dat和try2.dat读取会报错吗？会的话说明你的LAMMPS是旧版的。

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