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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps读data文件求助！
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tina张

新虫 (小有名气)

[求助] lammps读data文件求助！ 已有1人参与

求助：
        在lammps上用read_data命令，读入多个文件时，出现以下错误：
      Error :Expected floating point parameter in input or data file .  . /read_data.cpp 164
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不忘初心
1楼 2016-09-24 23:03:52
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tina张: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！！！ 2016-09-26 15:43:37
引用回帖:
3楼: Originally posted by tina张 at 2016-09-26 09:03:15
你看，这是一部分data文件，但是要读入一个data文件的话，data文件并没有任何问题啊
LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30）

16679 atoms

9 atom types
1 bond ty ...

貌似是data文件里少了盒子边界的定义，我加上

-1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi
-1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi
-2.5465666718138280e-01 6.2554656666639701e+01 zlo zhi

以后是可以读的，另外你的read_data格式写对了吗？
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  • 附件 2 : try1.dat
    • 2016-09-26 09:46:33, 596 bytes
  • 附件 3 : try2.dat
    • 2016-09-26 09:46:33, 590 bytes
4楼2016-09-26 09:47:44
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
data文件的格式不对，在应该出现浮点数的地方不知道出现了啥，发上来看看
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tina张
2楼2016-09-25 17:24:22
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tina张

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-25 17:24:22
data文件的格式不对，在应该出现浮点数的地方不知道出现了啥，发上来看看

你看，这是一部分data文件，但是要读入一个data文件的话，data文件并没有任何问题啊
LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30）

16679 atoms

9 atom types
1 bond types
   1 angle types

   
   Masses

   1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   63.546  # Cu
   7   63.546  # Cu
   8   63.546  # Cu
   9   12  # C



ATOMS

1 7 3.56 14.24 24.92 0 0 0
2 7 3.56 14.24 28.48 0 0 0
3 7 3.56 14.24 32.04 0 0 0
4 7 3.56 14.24 35.6 0 0 0
5 7 3.56 17.8 21.36 0 0 0
6 7 3.56 17.8 24.92 0 0 0
7 7 3.56 17.8 28.48 0 0 0
8 7 3.56 17.8 32.04 0 0 0
9 7 3.56 17.8 35.6 0 0 0
10 7 3.56 17.8 39.16 0 0 0
11 7 3.56 21.36 17.8 0 0 0
12 7 3.56 21.36 21.36 0 0 0
13 7 3.56 21.36 24.92 0 0 0
14 7 3.56 21.36 28.48 0 0 0
15 7 3.56 21.36 32.04 0 0 0
16 7 3.56 21.36 35.6 0 0 0
17 7 3.56 21.36 39.16 0 0 0
18 7 3.56 21.36 42.72 0 0 0
19 7 3.56 24.92 17.8 0 0 0
20 7 3.56 24.92 21.36 0 0 0
21 7 3.56 24.92 24.92 0 0 0
22 7 3.56 24.92 28.48 0 0 0
23 7 3.56 24.92 32.04 0 0 0
24 7 3.56 24.92 35.6 0 0 0
25 7 3.56 24.92 39.16 0 0 0
26 7 3.56 24.92 42.72 0 0 0
27 7 3.56 28.48 17.8 0 0 0
28 7 3.56 28.48 21.36 0 0 0
29 7 3.56 28.48 24.92 0 0 0
30 7 3.56 28.48 28.48 0 0 0
31 7 3.56 28.48 32.04 0 0 0
32 7 3.56 28.48 35.6 0 0 0
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不忘初心
3楼2016-09-26 09:03:15
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tina张

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 09:47:44
貌似是data文件里少了盒子边界的定义，我加上

-1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi
-1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi
-2.5465666718138280e-01 6.25546566666397 ...

十分感谢！！！我还有一个问题，就是多次读入data文件，atom_ID设置在哪里比较合适，我如果用add  offset的命令后，老出现非法定义的错误，我如果要读入data文件是另一个元素，应该在第一个read_data命令，加上keyword extra/atom/types  9(总共九个元素)
这个data文件设置的对么

LAMMPS data file from restart file: timestep=10000,procs=1

16679 atoms

1 atom types

-10e-01  32.517e+01  xlo xhi
-7e-01  14.85e+01 ylo yhi
-10-10e-01  20.244e+01 zlo zhi

Masses

1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   63.546  # Cu
   7   63.546  # Cu
   8   63.546  # Cu
   9   12  # C

Atoms

1 9 3.56 14.24 24.92 0 0 0
2 9 3.56 14.24 28.48 0 0 0
3 9 3.56 14.24 32.04 0 0 0
4 9 3.56 14.24 35.6 0 0 0
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不忘初心
5楼2016-09-26 15:42:31
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