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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps读data文件求助！
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tina张

新虫 (小有名气)

[求助] lammps读data文件求助！ 已有1人参与

求助：
        在lammps上用read_data命令，读入多个文件时，出现以下错误：
      Error :Expected floating point parameter in input or data file .  . /read_data.cpp 164
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不忘初心
1楼 2016-09-24 23:03:52
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
data文件的格式不对，在应该出现浮点数的地方不知道出现了啥，发上来看看
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tina张
2楼2016-09-25 17:24:22
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tina张

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 09:47:44
貌似是data文件里少了盒子边界的定义，我加上

-1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi
-1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi
-2.5465666718138280e-01 6.25546566666397 ...

十分感谢！！！我还有一个问题，就是多次读入data文件，atom_ID设置在哪里比较合适，我如果用add  offset的命令后，老出现非法定义的错误，我如果要读入data文件是另一个元素，应该在第一个read_data命令，加上keyword extra/atom/types  9(总共九个元素)
这个data文件设置的对么

LAMMPS data file from restart file: timestep=10000,procs=1

16679 atoms

1 atom types

-10e-01  32.517e+01  xlo xhi
-7e-01  14.85e+01 ylo yhi
-10-10e-01  20.244e+01 zlo zhi

Masses

1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   63.546  # Cu
   7   63.546  # Cu
   8   63.546  # Cu
   9   12  # C

Atoms

1 9 3.56 14.24 24.92 0 0 0
2 9 3.56 14.24 28.48 0 0 0
3 9 3.56 14.24 32.04 0 0 0
4 9 3.56 14.24 35.6 0 0 0
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不忘初心
5楼2016-09-26 15:42:31
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普通回帖

tina张

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-25 17:24:22
data文件的格式不对，在应该出现浮点数的地方不知道出现了啥，发上来看看

你看，这是一部分data文件，但是要读入一个data文件的话，data文件并没有任何问题啊
LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30）

16679 atoms

9 atom types
1 bond types
   1 angle types

   
   Masses

   1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   63.546  # Cu
   7   63.546  # Cu
   8   63.546  # Cu
   9   12  # C



ATOMS

1 7 3.56 14.24 24.92 0 0 0
2 7 3.56 14.24 28.48 0 0 0
3 7 3.56 14.24 32.04 0 0 0
4 7 3.56 14.24 35.6 0 0 0
5 7 3.56 17.8 21.36 0 0 0
6 7 3.56 17.8 24.92 0 0 0
7 7 3.56 17.8 28.48 0 0 0
8 7 3.56 17.8 32.04 0 0 0
9 7 3.56 17.8 35.6 0 0 0
10 7 3.56 17.8 39.16 0 0 0
11 7 3.56 21.36 17.8 0 0 0
12 7 3.56 21.36 21.36 0 0 0
13 7 3.56 21.36 24.92 0 0 0
14 7 3.56 21.36 28.48 0 0 0
15 7 3.56 21.36 32.04 0 0 0
16 7 3.56 21.36 35.6 0 0 0
17 7 3.56 21.36 39.16 0 0 0
18 7 3.56 21.36 42.72 0 0 0
19 7 3.56 24.92 17.8 0 0 0
20 7 3.56 24.92 21.36 0 0 0
21 7 3.56 24.92 24.92 0 0 0
22 7 3.56 24.92 28.48 0 0 0
23 7 3.56 24.92 32.04 0 0 0
24 7 3.56 24.92 35.6 0 0 0
25 7 3.56 24.92 39.16 0 0 0
26 7 3.56 24.92 42.72 0 0 0
27 7 3.56 28.48 17.8 0 0 0
28 7 3.56 28.48 21.36 0 0 0
29 7 3.56 28.48 24.92 0 0 0
30 7 3.56 28.48 28.48 0 0 0
31 7 3.56 28.48 32.04 0 0 0
32 7 3.56 28.48 35.6 0 0 0
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不忘初心
3楼2016-09-26 09:03:15
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tina张: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！！！ 2016-09-26 15:43:37
引用回帖:
3楼: Originally posted by tina张 at 2016-09-26 09:03:15
你看，这是一部分data文件，但是要读入一个data文件的话，data文件并没有任何问题啊
LAMMPS data file from restart file: timestep = 100000, procs = 8 (30 25 30）

16679 atoms

9 atom types
1 bond ty ...

貌似是data文件里少了盒子边界的定义，我加上

-1.7046925403980140e-01 8.0636966986120024e+01 xlo xhi
-1.8855463730960764e-01 4.0308151492031038e+01 ylo yhi
-2.5465666718138280e-01 6.2554656666639701e+01 zlo zhi

以后是可以读的，另外你的read_data格式写对了吗？
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    • 2016-09-26 09:46:33, 601 bytes
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  • 附件 3 : try2.dat
    • 2016-09-26 09:46:33, 590 bytes
4楼2016-09-26 09:47:44
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by tina张 at 2016-09-26 15:42:31
十分感谢！！！我还有一个问题，就是多次读入data文件，atom_ID设置在哪里比较合适，我如果用add  offset的命令后，老出现非法定义的错误，我如果要读入data文件是另一个元素，应该在第一个read_data命令，加上key ...

这是定义的问题，仔细看手册再慢慢试吧。
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tina张
6楼2016-09-26 19:37:30
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tina张

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 19:37:30
这是定义的问题，仔细看手册再慢慢试吧。...

那为什么我用你的命令怎么还说我非法定义
variable                     sphere string data.dat
variable                     waterbe string  water1.data
variable                     waterup string  water2.data
read_data                   ${waterbe}
read_data                   water1.data
Reading data file ...
  orthogonal box = (-1 -1 -1) to (325.17 148.5 202.44)
  4 by 4 by 1 MPI processor grid
  reading atoms ...
  37200 atoms
  scanning bonds ...
  2 = max bonds/atom
  scanning angles ...
  1 = max angles/atom
  reading bonds ...
  24800 bonds
  reading angles ...
  12400 angles
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
  2 = max # of 1-2 neighbors
  1 = max # of 1-3 neighbors
  1 = max # of 1-4 neighbors
  2 = max # of special neighbors
read_data                    ${waterup}   add      0
read_data                    water2.data   add      0
ERROR: Illegal read_data command (../read_data.cpp:164)
这是第一个data文件
LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for Sketch

  37200 atoms
  24800 bonds
  12400 angles
      0 dihedrals
      0 impropers

   9 atom types
   1 bond types
   1 angle types

  
-10e-01  32.517e+01  xlo xhi
-10e-01  14.85e+01 ylo yhi
-10e-01  20.244e+01 zlo zhi
Masses

   1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   63.546  # Cu
   7   63.546  # Cu
   8   63.546  # Cu
   9   12  # C
   
Bond Coeffs # harmonic

   1   540.6336     0.9600 # o*-h*

Angle Coeffs # harmonic

   1    50.0000   104.5000 # h*-o*-h*

Atoms # full

      1      1   1 -0.820000     8.018998451     2.540890217     0.955299609   0   0   0 # o*
      2      1   2  0.410000     8.609850421     3.119996727     0.452578854   0   0   0 # h*
      3      1   2  0.410000     7.374236306     2.239286862     0.299946918   0   0   0 # h*
      4      1   1 -0.820000    39.118998451     2.540890217     0.955299609   0   0   0 # o*
      5      1   2  0.410000    39.709850421     3.119996727     0.452578854   0   0   0 # h*
这是第二个data文件

LAMMPS        data        file.        msi2lmp        v3.9.6        /        11        Sep        2014        /        CGCMM        for        Sketch

        37200        atoms                                                                               
        24800        bonds                                                                               
        12400        angles                                                                               
        0        dihedrals                                                                               
        0        impropers                                                                               

        9        atom        types                                                                       
        1        bond        types                                                                       
        1        angle        types       
       
       
-10e-01        3.25E+02        xlo        xhi                                                                       
        -1.00E+00        1.49E+02        ylo        yhi                                                               
        -1.00E+00        2.02E+02        zlo        zhi                                                               
Masses                                                                                               

        1        15.9994        #        o*                                                               
        2        1.00797        #        h*                                                               
        3        63.546        #        Cu                                                               
        4        63.546        #        Cu                                                               
        5        63.546        #        Cu                                                               
        6        63.546        #        Cu                                                               
        7        63.546        #        Cu                                                               
        8        63.546        #        Cu                                                               
        9        12        #        C                                                               
       
Bond        Coeffs        #        harmonic                                                                       

        1        540.6336        0.96        #        o*-h*                                                       

Angle        Coeffs        #        harmonic                                                                       

        1        50        104.5        #        h*-o*-h*                                                       

Atoms        #        full        #        #        #        #        #        #        #                       

        37201        1        1        -0.82        8.018998451        2.540890217        0.955299609        0        0        0        #        o*
        37202        1        2        0.41        8.609850421        3.119996727        0.452578854        0        0        0        #        h*
        37203        1        2        0.41        7.374236306        2.239286862        0.299946918        0        0        0        #        h*
        37204        1        1        -0.82        39.11899845        2.540890217        0.955299609        0        0        0        #        o*
        37205        1        2        0.41        39.70985042        3.119996727        0.452578854        0        0        0        #        h*
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不忘初心
7楼2016-09-26 21:15:12
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by tina张 at 2016-09-26 21:15:12
那为什么我用你的命令怎么还说我非法定义
variable                     sphere string data.dat
variable                     waterbe string  water1.data
variable                     waterup string  w ...

我那个是为了找错的简化版啊，要针对你自己的输入文件改的。你用我给的try1.dat和try2.dat读取会报错吗？会的话说明你的LAMMPS是旧版的。
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tina张
8楼2016-09-26 21:40:03
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tina张

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 21:40:03
我那个是为了找错的简化版啊，要针对你自己的输入文件改的。你用我给的try1.dat和try2.dat读取会报错吗？会的话说明你的LAMMPS是旧版的。...

哦，是这样啊！用你给我的太容易try1.data 和try2.data 读的时候报错了，说是data文件有问题 ，这说明我的lammps 是旧版的么？
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不忘初心
9楼2016-09-27 10:51:22
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tina张

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-09-26 21:40:03
我那个是为了找错的简化版啊，要针对你自己的输入文件改的。你用我给的try1.dat和try2.dat读取会报错吗？会的话说明你的LAMMPS是旧版的。...

你好!我想问一下你的lammps的版本是多少?新版的lammps安装包中lib中是否含有cuda软件包？
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不忘初心
10楼2016-10-20 11:06:30
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