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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » MOE软件分析蛋白质与配体小分子相互作用
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Phil宏爷

新虫 (初入文坛)

[求助] MOE软件分析蛋白质与配体小分子相互作用 已有3人参与

请教一下大家，我用autodock做了小分子和蛋白质的对接，然后用moe软件分析对接的结果，分析蛋白质与配体小分子相互作用，2D图如图1，图中紫色，蓝色，绿色虚线分别表示什么意思呢？氢键？
如果改成3D（图2）模式查看的话，发现和2D图不一样，请问又是什么原因？

MOE软件分析蛋白质与配体小分子相互作用
图1.jpg


MOE软件分析蛋白质与配体小分子相互作用-1
图2.png
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1楼 2016-09-20 16:41:45
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zwc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
2D 图是在ligand interaction窗口里面看到的吧，该窗口下面部分有legend，会详细告诉你各个符号代表的含义。
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CHEM-IS-TRY
2楼2016-09-20 18:46:22
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pymol

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图2是用autodock做的图？
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4楼2016-09-21 14:40:52
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Phil宏爷

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zwc at 2016-09-20 18:46:22
2D 图是在ligand interaction窗口里面看到的吧，该窗口下面部分有legend，会详细告诉你各个符号代表的含义。

对，是在ligand interaction窗口里面看到的。下面虽然有说定义，但没说是什么作用，紫色虚线说是metal contact
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3楼2016-09-20 20:00:50
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lamda

木虫 (著名写手)

笨鸟先飞
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低调
5楼2016-09-24 06:40:41
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Phil宏爷

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2016-09-21 14:40:52
图2是用autodock做的图？

是的
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6楼2016-09-26 12:40:16
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Phil宏爷

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lamda at 2016-09-24 06:40:41
赞moe效果。

moe还是非常好用
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7楼2016-09-26 12:40:51
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pymol

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【答案】应助回帖

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6楼: Originally posted by Phil宏爷 at 2016-09-26 12:40:16
是的

autodock 怎么显示这么分辨率的图？show interaction然后呢？
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8楼2016-09-26 15:16:23
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Phil宏爷

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pymol at 2016-09-26 15:16:23
autodock 怎么显示这么分辨率的图？show interaction然后呢？...

导出，可以选择图片格式和分辨率
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9楼2016-09-29 10:45:35
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

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9楼: Originally posted by Phil宏爷 at 2016-09-29 10:45:35
导出，可以选择图片格式和分辨率...

请问，在哪里导出可以选择图片格式和分辨率？
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10楼2016-09-29 14:22:21
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