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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » materials studio安装与作业调度
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gyoyo

新虫 (正式写手)

[求助] materials studio安装与作业调度 已有2人参与

想请教大家一个问题，我在集群上安装了MS，但是不会写作业调度的脚本。我现在有一个该集群上vasp的pbs提交作业脚本，我想能不能通过简单修改这个pbs来给MS提交作业用呢？
#!/bin/bash

#

##PBS -q sixteen

#PBS -l nodes=1:ppn=16

#PBS -l walltime=240:00:00

#PBS -j oe

#PBS -V



# go to work dir

cd $PBS_O_WORKDIR



# The program we want to execute

export  EXEC=/share/apps/vasp/bin/vasp-5.2.12_impi4.1.0.024_mkl12



export  NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`

export  N_MPD=`cat $PBS_NODEFILE|uniq|wc -l`



# Intel MPI Home

MPI_HOME=/opt/intel/impi/4.1.0.024/intel64



$MPI_HOME/bin/mpdcleanup -r ssh -f $PBS_NODEFILE

$MPI_HOME/bin/mpdboot -r ssh -n $N_MPD -f $PBS_NODEFILE



# running program

$MPI_HOME/bin/mpiexec -genv I_MPI_DEBUG 3 -n $NP $EXEC
#vaspcal.sh -l 70 -a 40 -A 60


# clean mpd daemon

$MPI_HOME/bin/mpdallexit

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1楼 2016-09-19 23:33:58
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gyoyo

新虫 (正式写手)
如果可以的话，请问怎么改？

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2楼2016-09-19 23:34:33
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyoyo(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2016-09-20 09:26:36
可以，看你需要调用哪个模块，就调哪个模块就行。具体以自己的安装路径为准
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3楼2016-09-20 08:43:12
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gyoyo

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-09-20 08:43:12
可以，看你需要调用哪个模块，就调哪个模块就行。具体以自己的安装路径为准

我想调用castep模块，是不是把export  EXEC=/share/apps/vasp/bin/vasp-5.2.12_impi4.1.0.024_mkl12这行改成castep模块的目录？我这样改过，可是作业还是交不上去。还有倒数第三行#vaspcal.sh -l 70 -a 40 -A 60是什么意思，该怎么改?
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4楼2016-09-20 15:29:06
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫
可以到直答理工网我的vasp讨论组来发帖，我帮改

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5楼2016-09-20 15:57:32
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szp12345

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
参考中科大《Materials Studio软件的安装与并行计算使用手册》，直接用命令调用相应的模块就可以了

这个手册网上很好找的
http://www.docin.com/p-1326023646.html
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6楼2016-09-21 14:42:24
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guazifeng

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-09-20 15:57:32
可以到直答理工网我的vasp讨论组来发帖，我帮改

直答理工无处不在

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7楼2016-09-23 00:10:50
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