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gyoyo

新虫 (正式写手)

[求助] materials studio安装与作业调度 已有2人参与

想请教大家一个问题,我在集群上安装了MS,但是不会写作业调度的脚本。我现在有一个该集群上vasp的pbs提交作业脚本,我想能不能通过简单修改这个pbs来给MS提交作业用呢?
#!/bin/bash

#

##PBS -q sixteen

#PBS -l nodes=1:ppn=16

#PBS -l walltime=240:00:00

#PBS -j oe

#PBS -V



# go to work dir

cd $PBS_O_WORKDIR



# The program we want to execute

export  EXEC=/share/apps/vasp/bin/vasp-5.2.12_impi4.1.0.024_mkl12



export  NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`

export  N_MPD=`cat $PBS_NODEFILE|uniq|wc -l`



# Intel MPI Home

MPI_HOME=/opt/intel/impi/4.1.0.024/intel64



$MPI_HOME/bin/mpdcleanup -r ssh -f $PBS_NODEFILE

$MPI_HOME/bin/mpdboot -r ssh -n $N_MPD -f $PBS_NODEFILE



# running program

$MPI_HOME/bin/mpiexec -genv I_MPI_DEBUG 3 -n $NP $EXEC
#vaspcal.sh -l 70 -a 40 -A 60


# clean mpd daemon

$MPI_HOME/bin/mpdallexit

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gyoyo

新虫 (正式写手)

2楼2016-09-19 23:34:33
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyoyo(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2016-09-20 09:26:36
可以,看你需要调用哪个模块,就调哪个模块就行。具体以自己的安装路径为准
3楼2016-09-20 08:43:12
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gyoyo

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-09-20 08:43:12
可以,看你需要调用哪个模块,就调哪个模块就行。具体以自己的安装路径为准

我想调用castep模块,是不是把export  EXEC=/share/apps/vasp/bin/vasp-5.2.12_impi4.1.0.024_mkl12这行改成castep模块的目录?我这样改过,可是作业还是交不上去。还有倒数第三行#vaspcal.sh -l 70 -a 40 -A 60是什么意思,该怎么改?
4楼2016-09-20 15:29:06
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


可以到直答理工网我的vasp讨论组来发帖,我帮改

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5楼2016-09-20 15:57:32
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szp12345

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
参考中科大《Materials Studio软件的安装与并行计算使用手册》,直接用命令调用相应的模块就可以了

这个手册网上很好找的
http://www.docin.com/p-1326023646.html
6楼2016-09-21 14:42:24
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guazifeng

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-09-20 15:57:32
可以到直答理工网我的vasp讨论组来发帖,我帮改

直答理工无处不在

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7楼2016-09-23 00:10:50
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