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小范范1989

木虫 (著名写手)

[求助] 关于模拟晶体的问题咨询

各位大侠,江湖救急,我有一个问题如下:
   计算了一个实验分子,然后审稿人说要考虑周围环境影响,让我计算晶体,我问作者要晶体数据,他们没有。所以,我就想能不能通过gromacs来简单模拟一下,然后算一下,有差别,就能满足审稿人的要求。
我只需要该分子排列在一起之后的构型就行了,剩下的我会自己做。但是,这个构型如何得到?
谢谢指点,分子构型的高斯输入文件,我放在这里
#p B3lyp/6-31g(d) opt freq

test

0 1
C                 -0.67568359   -0.35629602    0.22860246
C                 -0.23069013   -1.83699591    0.03476595
C                  0.95320619   -2.32930392    0.60345870
C                 -1.01608471   -2.68824590   -0.75976213
C                  1.41482307   -3.60807801    0.28371652
C                 -0.54017697   -3.97035060   -1.10479966
H                 -1.97140898   -2.36038993   -1.12167871
C                  0.67592170   -4.41647044   -0.58613309
H                  2.33402549   -3.97585878    0.69862983
H                  1.04326601   -5.39170107   -0.86107294
C                 -0.00520563    0.35926481    1.42275498
C                  1.17706065   -0.08928785    2.00720604
C                 -0.60976336    1.53819920    1.88261129
C                  1.82475677    0.71337018    2.96153338
C                  0.04771489    2.35686883    2.80427999
H                 -1.57674000    1.82482583    1.50693316
C                  1.27261172    1.94486149    3.34071520
H                  2.74898270    0.38896075    3.40433905
H                  1.78196054    2.57761480    4.04054981
C                 -0.21380802    0.36454552   -1.01272494
C                 -1.10466714    0.77226820   -2.00101979
C                  1.14258756    0.59830162   -1.14567254
C                 -0.61092112    1.06288401   -3.27739343
C                  1.64800321    1.00715950   -2.37464460
H                  1.78960920    0.45099921   -0.30929545
C                  0.77937352    1.17024055   -3.46702366
H                 -1.27883040    1.21403436   -4.09981696
H                  2.69600238    1.18674301   -2.48157639
H                  1.17733363    1.38260239   -4.43302171
C                 -2.17975451   -0.34022049    0.40532456
C                 -3.04859302    0.07498122   -0.61110024
C                 -2.68486655   -0.77192463    1.62716993
C                 -4.40209252   -0.30385064   -0.54324059
C                 -4.04824825   -1.03426499    1.75587168
H                 -2.02579515   -0.91171731    2.45341107
C                 -4.89986406   -0.87105627    0.64900972
H                 -5.05434707   -0.15424223   -1.37847270
H                 -4.43624947   -1.36677739    2.69473397
H                 -5.92096046   -1.16994428    0.72009131
N                 -2.53097083    0.96416466   -1.67585912
C                 -3.33441059    0.96674037   -2.90069219
C                 -3.89151323    2.21766978   -3.14797028
C                 -3.56048916   -0.09908037   -3.78734336
C                 -4.65109537    2.45795268   -4.28032931
H                 -3.72252762    3.00709333   -2.44486872
C                 -4.34045446    0.14476286   -4.94627921
H                 -3.15738484   -1.07227183   -3.60213745
C                 -4.87634763    1.42774265   -5.18709962
H                 -5.05722495    3.43558779   -4.44902414
H                 -4.52533706   -0.64275185   -5.64508159
H                 -5.45738245    1.61377355   -6.06582273
C                  1.75698952   -1.45523270    1.60424111
O                  2.83386695   -1.86164934    2.07991243
H                 -1.10817604   -4.59700171   -1.76022734
H                 -0.38214193    3.29176612    3.09769127

关于模拟晶体的问题咨询
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
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小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xtugyy at 2016-09-20 07:26:38
这个化合晶体应该比较好长,

你好,我是理论计算的,问了实验组,没有晶体数据,谢谢你
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4楼2016-09-20 08:04:01
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xtugyy

木虫 (著名写手)

这个化合晶体应该比较好长,

发自小木虫Android客户端
有机发光材料
3楼2016-09-20 07:26:38
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