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小范范1989

木虫 (著名写手)

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专业: 原子和分子物理

[求助] 关于模拟晶体的问题咨询

各位大侠，江湖救急，我有一个问题如下：
计算了一个实验分子，然后审稿人说要考虑周围环境影响，让我计算晶体，我问作者要晶体数据，他们没有。所以，我就想能不能通过gromacs来简单模拟一下，然后算一下，有差别，就能满足审稿人的要求。
我只需要该分子排列在一起之后的构型就行了，剩下的我会自己做。但是，这个构型如何得到？
谢谢指点，分子构型的高斯输入文件，我放在这里
#p B3lyp/6-31g(d) opt freq

test

0 1
C                -0.67568359 -0.35629602 0.22860246
C                -0.23069013 -1.83699591 0.03476595
C                0.95320619 -2.32930392 0.60345870
C                -1.01608471 -2.68824590 -0.75976213
C                1.41482307 -3.60807801 0.28371652
C                -0.54017697 -3.97035060 -1.10479966
H                -1.97140898 -2.36038993 -1.12167871
C                0.67592170 -4.41647044 -0.58613309
H                2.33402549 -3.97585878 0.69862983
H                1.04326601 -5.39170107 -0.86107294
C                -0.00520563 0.35926481 1.42275498
C                1.17706065 -0.08928785 2.00720604
C                -0.60976336 1.53819920 1.88261129
C                1.82475677 0.71337018 2.96153338
C                0.04771489 2.35686883 2.80427999
H                -1.57674000 1.82482583 1.50693316
C                1.27261172 1.94486149 3.34071520
H                2.74898270 0.38896075 3.40433905
H                1.78196054 2.57761480 4.04054981
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C                -1.10466714 0.77226820 -2.00101979
C                1.14258756 0.59830162 -1.14567254
C                -0.61092112 1.06288401 -3.27739343
C                1.64800321 1.00715950 -2.37464460
H                1.78960920 0.45099921 -0.30929545
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H                2.69600238 1.18674301 -2.48157639
H                1.17733363 1.38260239 -4.43302171
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H                -2.02579515 -0.91171731 2.45341107
C                -4.89986406 -0.87105627 0.64900972
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H                -5.92096046 -1.16994428 0.72009131
N                -2.53097083 0.96416466 -1.67585912
C                -3.33441059 0.96674037 -2.90069219
C                -3.89151323 2.21766978 -3.14797028
C                -3.56048916 -0.09908037 -3.78734336
C                -4.65109537 2.45795268 -4.28032931
H                -3.72252762 3.00709333 -2.44486872
C                -4.34045446 0.14476286 -4.94627921
H                -3.15738484 -1.07227183 -3.60213745
C                -4.87634763 1.42774265 -5.18709962
H                -5.05722495 3.43558779 -4.44902414
H                -4.52533706 -0.64275185 -5.64508159
H                -5.45738245 1.61377355 -6.06582273
C                1.75698952 -1.45523270 1.60424111
O                2.83386695 -1.86164934 2.07991243
H                -1.10817604 -4.59700171 -1.76022734
H                -0.38214193 3.29176612 3.09769127

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