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小范范1989木虫 (著名写手)
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[求助]
关于模拟晶体的问题咨询
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各位大侠，江湖救急，我有一个问题如下： 计算了一个实验分子，然后审稿人说要考虑周围环境影响，让我计算晶体，我问作者要晶体数据，他们没有。所以，我就想能不能通过gromacs来简单模拟一下，然后算一下，有差别，就能满足审稿人的要求。 我只需要该分子排列在一起之后的构型就行了，剩下的我会自己做。但是，这个构型如何得到？ 谢谢指点，分子构型的高斯输入文件，我放在这里 #p B3lyp/6-31g(d) opt freq test 0 1 C -0.67568359 -0.35629602 0.22860246 C -0.23069013 -1.83699591 0.03476595 C 0.95320619 -2.32930392 0.60345870 C -1.01608471 -2.68824590 -0.75976213 C 1.41482307 -3.60807801 0.28371652 C -0.54017697 -3.97035060 -1.10479966 H -1.97140898 -2.36038993 -1.12167871 C 0.67592170 -4.41647044 -0.58613309 H 2.33402549 -3.97585878 0.69862983 H 1.04326601 -5.39170107 -0.86107294 C -0.00520563 0.35926481 1.42275498 C 1.17706065 -0.08928785 2.00720604 C -0.60976336 1.53819920 1.88261129 C 1.82475677 0.71337018 2.96153338 C 0.04771489 2.35686883 2.80427999 H -1.57674000 1.82482583 1.50693316 C 1.27261172 1.94486149 3.34071520 H 2.74898270 0.38896075 3.40433905 H 1.78196054 2.57761480 4.04054981 C -0.21380802 0.36454552 -1.01272494 C -1.10466714 0.77226820 -2.00101979 C 1.14258756 0.59830162 -1.14567254 C -0.61092112 1.06288401 -3.27739343 C 1.64800321 1.00715950 -2.37464460 H 1.78960920 0.45099921 -0.30929545 C 0.77937352 1.17024055 -3.46702366 H -1.27883040 1.21403436 -4.09981696 H 2.69600238 1.18674301 -2.48157639 H 1.17733363 1.38260239 -4.43302171 C -2.17975451 -0.34022049 0.40532456 C -3.04859302 0.07498122 -0.61110024 C -2.68486655 -0.77192463 1.62716993 C -4.40209252 -0.30385064 -0.54324059 C -4.04824825 -1.03426499 1.75587168 H -2.02579515 -0.91171731 2.45341107 C -4.89986406 -0.87105627 0.64900972 H -5.05434707 -0.15424223 -1.37847270 H -4.43624947 -1.36677739 2.69473397 H -5.92096046 -1.16994428 0.72009131 N -2.53097083 0.96416466 -1.67585912 C -3.33441059 0.96674037 -2.90069219 C -3.89151323 2.21766978 -3.14797028 C -3.56048916 -0.09908037 -3.78734336 C -4.65109537 2.45795268 -4.28032931 H -3.72252762 3.00709333 -2.44486872 C -4.34045446 0.14476286 -4.94627921 H -3.15738484 -1.07227183 -3.60213745 C -4.87634763 1.42774265 -5.18709962 H -5.05722495 3.43558779 -4.44902414 H -4.52533706 -0.64275185 -5.64508159 H -5.45738245 1.61377355 -6.06582273 C 1.75698952 -1.45523270 1.60424111 O 2.83386695 -1.86164934 2.07991243 H -1.10817604 -4.59700171 -1.76022734 H -0.38214193 3.29176612 3.09769127  B{@$1(X7WUSE1AW6O{8NTDY.png |
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