应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps中in文件如何连续读入两个data文件
51/1返回列表
查看: 2030  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

shijunqin

木虫 (小有名气)

[求助] Lammps中in文件如何连续读入两个data文件 已有1人参与

我想在in文件中读入两个data文件，可是读完第一个data文件，读入第二个data文件时就会提示 Error: cannot read_data after simulation box is defined (../read_data.cpp:170)，请各位大神指导啊？in文件部分内容和data文件如下
【in文件】
echo                       both
processors                 4  4  1
package                    gpu  2  neigh  no
newton                     off  on
units                      metal
atom_style                 full
bond_style                 harmonic
angle_style                harmonic
boundary                   p  p  m
neighbor                   2  bin
neigh_modify               delay  5
neigh_modify               exclude  type  6  6


#------------create the initial model------------------------
variable                   water1  string  30A_H2O.data
variable                   water2  string  10A_H2O.data
read_data                  ${water1}
read_data                  ${water2}
group                      water1  type  1  2
variable                   wax1  equal  "lx*3.1e-3"
variable                   way1  equal  "ly*2.92e-3"
variable                   waz1  equal  "lz*0.518"
displace_atoms             water1 move ${wax1} ${way1} ${waz1} units box

group                      water2  type  1  2
variable                   wax2  equal  "lx*3.1e-3"
variable                   way2  equal  "ly*2.92e-3"
variable                   waz2  equal  "lz*0.6364"
displace_atoms             water2 move ${wax2} ${way2} ${waz2} units box

group                      water  union  water1  water2

【data文件1】
LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for 30A_H2O_244^2
180000 atoms
120000 bonds
  60000 angles
      0 dihedrals
      0 impropers
   6 atom types
   1 bond types
   1 angle types

    -0.07   246.01  xlo xhi
    -0.07   246.01  ylo yhi
    -0.50   255.5  zlo zhi
Masses
   1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   12  # C
Atoms # full
      1      1   1 -0.820000    12.745627803    12.404175134     2.226094393   0   0   0 # o*
      2      1   2  0.410000    12.277690607    11.622376960     1.883749467   0   0   0 # h*
      3      1   2  0.410000    12.646508661    12.951163887     1.438594828   0   0   0 # h*

【data文件2】
LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for 10A_H2O_244^2

  60000 atoms
  40000 bonds
  20000 angles
      0 dihedrals
      0 impropers

   6 atom types
   1 bond types
   1 angle types

    #-0.07   246.01  xlo xhi
    #-0.07   246.01  ylo yhi
    #-0.50   255.5  zlo zhi

Masses
   1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   12  # C
Bond Coeffs # harmonic
   1   540.6336     0.9600 # o*-h*
Angle Coeffs # harmonic
   1    50.0000   104.5000 # h*-o*-h*
Atoms # full
      1      1   1 -0.820000    12.745627803    12.404175134     2.226094393   0   0   0 # o*
      2      1   2  0.410000    12.277690607    11.622376960     1.883749467   0   0   0 # h*
      3      1   2  0.410000    12.646508661    12.951163887     1.438594828   0   0   0 # h*
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-09-08 11:02:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shijunqin

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-09 12:55:55
我理解的，你要建厚的水层，那不就是对坐标进行操作么，excel里就可以解决啊，或者VMD。用两个data文件就是绕弯路了...

谢谢，我试试

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
5楼2016-09-09 12:59:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

badercao

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2016-09-08 19:30:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shijunqin

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by badercao at 2016-09-08 19:30:49
你这是两个独立的模拟，为什么要放在一起呢。我看的没错的话你这是在建模，那跑两个程序也不算麻烦

我用ms建的水层，由于一次建不了太厚的水层，我就想建两个薄的水层，然后分别加进去。所以就想用两个data文件。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-09-09 12:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

badercao

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

shijunqin
4楼2016-09-09 12:55:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 8/400 2026-09-01 12:58 by ssyjh
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭