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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps中in文件如何连续读入两个data文件
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shijunqin

木虫 (小有名气)

[求助] Lammps中in文件如何连续读入两个data文件 已有1人参与

我想在in文件中读入两个data文件，可是读完第一个data文件，读入第二个data文件时就会提示 Error: cannot read_data after simulation box is defined (../read_data.cpp:170)，请各位大神指导啊？in文件部分内容和data文件如下
【in文件】
echo                       both
processors                 4  4  1
package                    gpu  2  neigh  no
newton                     off  on
units                      metal
atom_style                 full
bond_style                 harmonic
angle_style                harmonic
boundary                   p  p  m
neighbor                   2  bin
neigh_modify               delay  5
neigh_modify               exclude  type  6  6


#------------create the initial model------------------------
variable                   water1  string  30A_H2O.data
variable                   water2  string  10A_H2O.data
read_data                  ${water1}
read_data                  ${water2}
group                      water1  type  1  2
variable                   wax1  equal  "lx*3.1e-3"
variable                   way1  equal  "ly*2.92e-3"
variable                   waz1  equal  "lz*0.518"
displace_atoms             water1 move ${wax1} ${way1} ${waz1} units box

group                      water2  type  1  2
variable                   wax2  equal  "lx*3.1e-3"
variable                   way2  equal  "ly*2.92e-3"
variable                   waz2  equal  "lz*0.6364"
displace_atoms             water2 move ${wax2} ${way2} ${waz2} units box

group                      water  union  water1  water2

【data文件1】
LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for 30A_H2O_244^2
180000 atoms
120000 bonds
  60000 angles
      0 dihedrals
      0 impropers
   6 atom types
   1 bond types
   1 angle types

    -0.07   246.01  xlo xhi
    -0.07   246.01  ylo yhi
    -0.50   255.5  zlo zhi
Masses
   1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   12  # C
Atoms # full
      1      1   1 -0.820000    12.745627803    12.404175134     2.226094393   0   0   0 # o*
      2      1   2  0.410000    12.277690607    11.622376960     1.883749467   0   0   0 # h*
      3      1   2  0.410000    12.646508661    12.951163887     1.438594828   0   0   0 # h*

【data文件2】
LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for 10A_H2O_244^2

  60000 atoms
  40000 bonds
  20000 angles
      0 dihedrals
      0 impropers

   6 atom types
   1 bond types
   1 angle types

    #-0.07   246.01  xlo xhi
    #-0.07   246.01  ylo yhi
    #-0.50   255.5  zlo zhi

Masses
   1  15.999400 # o*
   2   1.007970 # h*
   3   63.546  # Cu
   4   63.546  # Cu
   5   63.546  # Cu
   6   12  # C
Bond Coeffs # harmonic
   1   540.6336     0.9600 # o*-h*
Angle Coeffs # harmonic
   1    50.0000   104.5000 # h*-o*-h*
Atoms # full
      1      1   1 -0.820000    12.745627803    12.404175134     2.226094393   0   0   0 # o*
      2      1   2  0.410000    12.277690607    11.622376960     1.883749467   0   0   0 # h*
      3      1   2  0.410000    12.646508661    12.951163887     1.438594828   0   0   0 # h*
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1楼 2016-09-08 11:02:00
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badercao

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2016-09-08 19:30:49
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shijunqin

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by badercao at 2016-09-08 19:30:49
你这是两个独立的模拟，为什么要放在一起呢。我看的没错的话你这是在建模，那跑两个程序也不算麻烦

我用ms建的水层，由于一次建不了太厚的水层，我就想建两个薄的水层，然后分别加进去。所以就想用两个data文件。

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3楼2016-09-09 12:52:59
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badercao

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽

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shijunqin
4楼2016-09-09 12:55:55
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shijunqin

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-09 12:55:55
我理解的，你要建厚的水层，那不就是对坐标进行操作么，excel里就可以解决啊，或者VMD。用两个data文件就是绕弯路了...

谢谢，我试试

发自小木虫IOS客户端
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5楼2016-09-09 12:59:35
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KBzml

铁虫 (小有名气)
manual中写的很清楚

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6楼2016-09-09 22:37:26
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shijunqin

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by KBzml at 2016-09-09 22:37:26
manual中写的很清楚

我细看了manual，事实上写的不够清楚，可能我的理解力不够吧

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7楼2016-09-09 23:18:14
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