应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中如何找出系统中所有距离小于某值的原子并排序？
61/1返回列表
查看: 1297  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

piayboy407

新虫 (小有名气)

[求助] MS中如何找出系统中所有距离小于某值的原子并排序？ 已有1人参与

模拟的系统中，通过测量原子间的距离，并当距离小于某值时，认为该原子间发生反应。
该怎么操作距离的测算、排序、新键的绘制？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-09-02 10:44:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

badercao

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
piayboy407: 金币+5, ★有帮助 2016-09-05 10:50:28
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

piayboy407
2楼2016-09-02 12:42:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piayboy407

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by badercao at 2016-09-02 12:42:56
用excel的筛选和排序功能完全能够解决

可以麻烦说下简要的操作么。
我想的是在一个系统里面，一堆原子，显示出来我需要知道的特定两种元素原子间距，并且排序，给最短的几个间距下的原子之间绘制新键。
赞一下 回复此楼
3楼2016-09-03 15:15:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

badercao

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

piayboy407
4楼2016-09-03 16:11:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piayboy407

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-03 16:11:40
1. 把你模拟得到的最终构型导出为pdb格式的文件，然后copy到excel，对元素和对应的坐标进行编号。
2. 取出特定的元素，用excel计算之间的距离，从小到大排序。
3. 查看最短的几个间距下的原子的序号，对用着在原 ...

给力！我这就去试试。多谢你。
还有个问题就是，直接在两个原子间画一个键，该怎么画？
赞一下 回复此楼
5楼2016-09-03 18:56:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

piayboy407

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-03 16:11:40
1. 把你模拟得到的最终构型导出为pdb格式的文件，然后copy到excel，对元素和对应的坐标进行编号。
2. 取出特定的元素，用excel计算之间的距离，从小到大排序。
3. 查看最短的几个间距下的原子的序号，对用着在原 ...

其实我要做的不仅是把他们找出来，还要在MS中对这几个最近的原子对之间成键。
实际是Si-OH结构，找出离的最近的Si-OH，若在截断半径内，视为发生反应，两个Si-OH之间脱去一个水生成Si-O-Si。
所以要进行的不仅仅是找出来，还有删去一个水，然后把剩下的O和另一边的Si连起来
赞一下 回复此楼
6楼2016-09-03 19:15:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 piayboy407 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭