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piayboy407

新虫 (小有名气)

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专业: 金属基复合材料

[求助] MS中如何找出系统中所有距离小于某值的原子并排序？已有1人参与

模拟的系统中，通过测量原子间的距离，并当距离小于某值时，认为该原子间发生反应。
该怎么操作距离的测算、排序、新键的绘制？

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1楼 2016-09-02 10:44:58

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

piayboy407

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送红花一朵

引用回帖:

4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-03 16:11:40
1. 把你模拟得到的最终构型导出为pdb格式的文件，然后copy到excel，对元素和对应的坐标进行编号。
2. 取出特定的元素，用excel计算之间的距离，从小到大排序。
3. 查看最短的几个间距下的原子的序号，对用着在原 ...

给力！我这就去试试。多谢你。
还有个问题就是，直接在两个原子间画一个键，该怎么画？