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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中如何找出系统中所有距离小于某值的原子并排序？
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piayboy407

新虫 (小有名气)

[求助] MS中如何找出系统中所有距离小于某值的原子并排序？ 已有1人参与

模拟的系统中，通过测量原子间的距离，并当距离小于某值时，认为该原子间发生反应。
该怎么操作距离的测算、排序、新键的绘制？
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1楼 2016-09-02 10:44:58
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badercao

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
piayboy407: 金币+5, ★有帮助 2016-09-05 10:50:28
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piayboy407
2楼2016-09-02 12:42:56
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piayboy407

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by badercao at 2016-09-02 12:42:56
用excel的筛选和排序功能完全能够解决

可以麻烦说下简要的操作么。
我想的是在一个系统里面，一堆原子，显示出来我需要知道的特定两种元素原子间距，并且排序，给最短的几个间距下的原子之间绘制新键。
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3楼2016-09-03 15:15:37
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badercao

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽

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piayboy407
4楼2016-09-03 16:11:40
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piayboy407

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-03 16:11:40
1. 把你模拟得到的最终构型导出为pdb格式的文件，然后copy到excel，对元素和对应的坐标进行编号。
2. 取出特定的元素，用excel计算之间的距离，从小到大排序。
3. 查看最短的几个间距下的原子的序号，对用着在原 ...

给力！我这就去试试。多谢你。
还有个问题就是，直接在两个原子间画一个键，该怎么画？
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5楼2016-09-03 18:56:36
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piayboy407

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by badercao at 2016-09-03 16:11:40
1. 把你模拟得到的最终构型导出为pdb格式的文件，然后copy到excel，对元素和对应的坐标进行编号。
2. 取出特定的元素，用excel计算之间的距离，从小到大排序。
3. 查看最短的几个间距下的原子的序号，对用着在原 ...

其实我要做的不仅是把他们找出来，还要在MS中对这几个最近的原子对之间成键。
实际是Si-OH结构，找出离的最近的Si-OH，若在截断半径内，视为发生反应，两个Si-OH之间脱去一个水生成Si-O-Si。
所以要进行的不仅仅是找出来，还有删去一个水，然后把剩下的O和另一边的Si连起来
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6楼2016-09-03 19:15:10
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