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试管杨

新虫 (小有名气)

[求助] 发卡DNA为什么退火后还是不能闭合起来 已有1人参与

我最近买了一个MB序列,两段有5个碱基的互补,并且两段修饰了FAM和熄灭集团,可是发现荧光信号老强了,就是不灭,这是什么情况?求大神告知,改怎么处理

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xincer

木虫 (小有名气)

有些公司合成的分子信标确实背景会比较大

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2楼2016-08-24 15:17:39
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cqzhangzhang

铁杆木虫 (著名写手)

1.取相同浓度分析信标和不标记淬灭基团的核酸,验证下是否有淬灭。

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6楼2016-08-25 16:49:43
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chenj-315

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by 试管杨 at 2016-08-25 14:52:16
退过火了,但是loop区域的DNA序列有16个碱基,stem区域有5个碱基对
...

‘环序列比较长,茎五个算短了,你这个分子信标TM值估计只有60度左右,请问你的反应温度大概多少呢?如果反应温度太高,背景可能会很大。

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9楼2016-08-25 18:26:16
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chenj-315

银虫 (正式写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 试管杨 at 2016-08-26 08:04:11
开始弄了75然后没什么效果,后面弄了90也没什么效果
...

反正温度如果太高,把茎碱基对个数加多

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11楼2016-08-26 10:24:52
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普通回帖

chenj-315

银虫 (正式写手)

环序列长度有多少?另外买回来之后做了变性退火处理没有?

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3楼2016-08-24 15:17:53
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试管杨

新虫 (小有名气)

4楼2016-08-25 14:30:24
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试管杨

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by chenj-315 at 2016-08-24 15:17:53
环序列长度有多少?另外买回来之后做了变性退火处理没有?

退过火了,但是loop区域的DNA序列有16个碱基,stem区域有5个碱基对

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5楼2016-08-25 14:52:16
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cqzhangzhang

铁杆木虫 (著名写手)

2.你的核酸序列我看基本问题不大,!五个茎加一个淬灭荧光的共价作用维持茎部稳定。但这所有的都只是预测,实际上可能不是如此。

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7楼2016-08-25 16:53:38
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cqzhangzhang

铁杆木虫 (著名写手)

3.淬灭集团对荧光团的淬灭能力与距离和淬灭团淬灭能力有关。淬灭效率大概在九成,按我说的第一天计算下淬灭效率大概是多少。

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8楼2016-08-25 16:55:17
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试管杨

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by chenj-315 at 2016-08-25 18:26:16
‘环序列比较长,茎五个算短了,你这个分子信标TM值估计只有60度左右,请问你的反应温度大概多少呢?如果反应温度太高,背景可能会很大。
...

开始弄了75然后没什么效果,后面弄了90也没什么效果

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10楼2016-08-26 08:04:11
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