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关于lammps 计算温度时去除宏观速度的疑问 已有3人参与
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关于lammps 计算温度有时去除宏观速度，即subtract a bias?这在shear的例子里有体现，但是某一方向既有宏观速度又有热运动速度啊， 计算温度时简单去掉这个方向的速度分量会不会太粗暴了？况且热运动的速度量级似乎应在~100m/s，远高于宏观速度，这样宏观速度的 影响应该很小？ 求指教，谢谢！ |
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 分子动力学模拟 |
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2楼2016-08-23 09:24:34
6楼2016-08-23 14:35:29
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4楼2016-08-23 11:11:43
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【答案】应助回帖
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7long: 金币+5, ★有帮助 2016-08-23 14:36:30
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你说的外界加载宏观速度和分子热运动速度如何分离这个是可以实现的呀，把质心速度去掉，剩下来的不就是分子热运动速度。 去掉质心速度方法（取自书本the art of molecular dynamics)： 先把所有原子的速度总和求出来。 for i=1:n Vsum=Vsum+atom_mass[n]*atom_velocity[n] end 再把这个速度平均分配给每个原子 for i=1:n atom_velocity[n]=atom_velocity[n]-Vsum/number_of_atom end 剩下来的每个atom_velocity即为热运动的速度，用这个速度就可以求解温度了呀。（希望我自己写的代码你能看懂） |
5楼2016-08-23 11:21:13
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7楼2016-08-23 14:41:44
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8楼2016-08-23 14:45:57
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shear的例子in文件如下 # 3d metal shear simulation units metal boundary s s p atom_style atomic lattice fcc 3.52 region box block 0 16.0 0 10.0 0 2.828427 create_box 3 box lattice fcc 3.52 orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1 & origin 0.5 0 0 create_atoms 1 box pair_style eam pair_coeff * * Ni_u3.eam neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 5 region lower block INF INF INF 0.9 INF INF region upper block INF INF 6.1 INF INF INF group lower region lower group upper region upper group boundary union lower upper group mobile subtract all boundary set group lower type 2 set group upper type 3 # void #region void cylinder z 8 5 2.5 INF INF #delete_atoms region void # temp controllers compute new3d mobile temp compute new2d mobile temp/partial 0 1 1 # equilibrate velocity mobile create 300.0 5812775 temp new3d fix 1 all nve fix 2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0 fix 3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0 fix_modify 3 temp new3d thermo 25 thermo_modify temp new3d timestep 0.001 run 100 # shear velocity upper set 1.0 0 0 velocity mobile ramp vx 0.0 1.0 y 1.4 8.6 sum yes unfix 3 fix 3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0 fix_modify 3 temp new2d dump 1 all atom 100 dump.shear #dump 2 all image 100 image.*.jpg type type & # axes yes 0.8 0.02 view 0 0 zoom 1.5 up 0 1 0 adiam 2.0 #dump_modify 2 pad 4 #dump 3 all movie 100 movie.mpg type type & # axes yes 0.8 0.02 view 0 0 zoom 1.5 up 0 1 0 adiam 2.0 #dump_modify 3 pad 4 thermo 100 thermo_modify temp new2d reset_timestep 0 run 3000 |
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